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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGAGGCGGCGGAGGCCTTCTTCCGCGCGGCGCCGCCGCTCCGTGACCGCGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatccccgatcctccgcttctctccctccctgctctcatctctgtccggctccgggctgggtggctgaaagcctgaaacgaaaaccagatttctgacgcggctgctcctgtcgccaccgatcgcgtgctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G008209_T01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G008209_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os08g07880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
---GAGGAGGCGGCGGAGGCCTTCTTCCGCGCGGCGCCGCCGCTCCGTGACCGCGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG-
   |  |  | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||  ||||||    ||||||||| ||| ||||||||||||||| |  |    |  |||||   ||||| | |  |  |  | | | |||||||||  | ||   |   ||  ||||| |||        | |   | |  | ||  ||  | ||  |                             
GGCGGCGGCGAGGCGGAGTCCTTCTTCCGCGCCGCGCCGCCGCTCCGCGACCAGGACCGCGTCGCCGGGGACCTCGCCGACTTCGTCGCCCGCCACTCCGgcaagtccctcctcccctcgcctcctccttccctctcctccgatctcatctcc-ttcgatgcgtcgcgtggtgggtgagtttgctgatctcgatcgtgtttggtggtg-ggtag-----------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78120328|gb|DV538712.1|DV538712
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|211537799|gb|FL107888.1|FL107888
EST:     CGACCGTCTCGCCGCNNGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCAGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTG-CCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|71437508|gb|DR818558.1|DR818558
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|71318841|gb|DR796181.1|DR796181
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|74243666|gb|DT651580.1|DT651580
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|211537797|gb|FL107886.1|FL107886
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCAGCCG                         GGGGTGGTGGGAGTGGTGT
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGG-AGTGGTGT
EST: gi|91875001|gb|EB404958.1|EB404958
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|76014964|gb|DT942134.1|DT942134
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|89761605|gb|DY689549.1|DY689549
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|91871996|gb|EB401953.1|EB401953
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|71307844|gb|DR790143.1|DR790143
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|89757275|gb|DY686946.1|DY686946
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|148936771|gb|EC880907.2|EC880907
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
EST: gi|78118463|gb|DV536848.1|DV536848
EST:     CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCG                         GGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG
genomic: CGACCGTCTCGCCGCCAGCCTCGCCGATTTCCTCGCCCGCCACTCCGCCGgcaagtgatc ... cgtgctgcagGGGGTGGTGGAGTGGTGTGCGTCACCTCCGGCGGCACTACGGTGCCCCTGG