1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CCGCCTTCCCCGACCCCGACCGCAAGCGCGCCTCCTCCGACGCTGACCCCGGCCGCTCCTCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAAgtacgccgcccgttttctccgaccaacacatgccttttccgttttttatttattgttactcccaggaaacgcgaggcgggcgctggcgcttgctttggcgggtgaatatgaggtggagtggagtttgatgtgcctcctcctcatttgttttggtggggcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G004696_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCCGCTCCTCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAA GGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCTEST: gi|15632305|gb|BI679398.1|BI679398
genomic: GGCCGCTCCTCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAAgtacgccgcc ... ggtggggcagGGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCT
EST: TCCGACGCTGCACCGGCACCCAA GGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCTEST: gi|211380527|gb|FL436057.1|FL436057
genomic: TCCGACGCTGCACCGGCACCCAAgtacgccgcc ... ggtggggcagGGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCT
EST: GCTCCTCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAA GGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCTEST: gi|211380526|gb|FL436056.1|FL436056
genomic: GCTCCTCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAAgtacgccgcc ... ggtggggcagGGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCT
EST: TCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAA GGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCT
genomic: TCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAAgtacgccgcc ... ggtggggcagGGCTCGTGTGGTGGGCTGGCCGCCGGTGAGGTCGTACCGCAAGAACGCGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCGCCTTCCCCGACCCCGACCGCAAGCGCGCCTCCTCCGACGCTGACCCCGGCCGCTCCTCCCCGCTCGCCGCGTCCTCCGACGCTGCACCGGCACCCAAgtacgccgcccgttttctccgaccaacacatgccttttccgttttttatttattgttactcccaggaaacgcgaggcgggcgctggcgcttgctttggcgggtgaatatgaggtggagtggagtttgatgtgcctcctcctcatttgttttggtggggcag
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