1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CCAAGAGGCGGAAAGGGAGGAGCGTGGAGCGGCGAATTATTGTTTGTTTCCCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattttgtggcgtgtttcggtgatttttctatgggatttcgatggggattccttgatctgcgtttctactggctgttgatgcctgcag
species | Zea mays |
transcript | AC149818.2_FGT006 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|17929609|gb|BM266569.1|BM266569
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCAAGCAAGCGCGGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211179976|gb|FL167738.1|FL167738
genomic: CCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182384|gb|FL167752.1|FL167752
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182372|gb|FL167740.1|FL167740
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|32934193|gb|CF039005.1|CF039005
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182381|gb|FL167749.1|FL167749
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182383|gb|FL167751.1|FL167751
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211179974|gb|FL167736.1|FL167736
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182378|gb|FL167746.1|FL167746
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|91049729|gb|EB160147.1|EB160147
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|33103078|gb|CF063038.1|CF063038
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|50325069|gb|CO520195.1|CO520195
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|76287410|gb|DV026978.1|DV026978
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|94478196|gb|EB707154.1|EB707154
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAEST: gi|211182375|gb|FL167743.1|FL167743
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACA
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182379|gb|FL167747.1|FL167747
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211541024|gb|FL000899.1|FL000899
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACMAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182373|gb|FL167741.1|FL167741
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182371|gb|FL167739.1|FL167739
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|37401744|gb|CF638239.1|CF638239
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|32858241|gb|CD997922.1|CD997922
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGNNNATGGTGAACGATGGGATGCAGGAEST: gi|211182385|gb|FL167753.1|FL167753
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAG---ATGGTGAACGATGGGATGCAGGA
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211179973|gb|FL167735.1|FL167735
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211179975|gb|FL167737.1|FL167737
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182380|gb|FL167748.1|FL167748
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|60359485|gb|DN226458.1|DN226458
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|211182382|gb|FL167750.1|FL167750
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCG-CGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTTEST: gi|6020463|gb|AW065391.1|AW065391
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
EST: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCT GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
genomic: CCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattt ... atgcctgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGATGGGATGCAGGAGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCAAGAGGCGGAAAGGGAGGAGCGTGGAGCGGCGAATTATTGTTTGTTTCCCCAAGATGTCTTCTCCAAGCAAGCGCCGGGAGATGGACCTCATGAAGCTgtgaggattttgtggcgtgtttcggtgatttttctatgggatttcgatggggattccttgatctgcgtttctactggctgttgatgcctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC