Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttctataccatggaatgaaaaaaaataaaaaacccttttcattctgcaagtacatcggtaatgggattggttttaattctagtagtggattgattgaatgtatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g02680.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110685535|gb|EE062350.1|EE062350
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|349807989|gb|FQ402380.1|FQ402380
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|349819506|gb|FQ413390.1|FQ413390
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|30132936|gb|CB918275.1|CB918275
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCT
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCT
EST: gi|30256158|gb|CB972001.1|CB972001
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|349829069|gb|FQ419601.1|FQ419601
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|27584907|gb|CB007602.1|CB007602
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|351055976|gb|FQ453437.1|FQ453437
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|30256233|gb|CB972076.1|CB972076
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|110685849|gb|EE062930.1|EE062930
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTC-TTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
EST: gi|34544676|gb|CF512908.1|CF512908
EST:     ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG
genomic: ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttcta ... atgtatgcagGCATATTCTAGCTGGCTCTACAAAGTTCCTTGGGGTCTTTACAAAGCTGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGAAAAGCATGGAGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatttctataccatggaatgaaaaaaaataaaaaacccttttcattctgcaagtacatcggtaatgggattggttttaattctagtagtggattgattgaatgtatgcag

- - - - CATGGA