1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
AATTCATGCCTTGAGGCCCTTCAAAGATGCAGCTAATCTGTTGGCTGAGAAGGAGGATTGGCCTCCACTGTATGACATTGACTCCTTGAATAATAACAAGgtgagtgactctatgttagattgaacttcttgaacttcaataataacatggacaacttaatcaacttgaagttgccaagtcacctttcctaaactttaca...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0046g02160.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGAGGATTGGCCTCCACTGTATGACATTGACTCCTTGAATAATAACAAG GTACCTGTTGCTGCTGCAGTTTATTATGAAGATATGTATGTTAACTTCAAAEST: gi|110375135|gb|EC940096.1|EC940096
genomic: AGGAGGATTGGCCTCCACTGTATGACATTGACTCCTTGAATAATAACAAGgtgagtgact ... atcatggcagGTACCTGTTGCTGCTGCAGTTTATTATGAAGATATGTATGTTAACTTCAAA
EST: AGGAGGATTGGCCTCCACTGTATGACATTGACTCCTTGAATAATAACAAG GTACCTGTTGCTGCTGCAGTTTATTATGAAGATATGTATGTTAACTTCAAA
genomic: AGGAGGATTGGCCTCCACTGTATGACATTGACTCCTTGAATAATAACAAGgtgagtgact ... atcatggcagGTACCTGTTGCTGCTGCAGTTTATTATGAAGATATGTATGTTAACTTCAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATTCATGCCTTGAGGCCCTTCAAAGATGCAGCTAATCTGTTGGCTGAGAAGGAGGATTGGCCTCCACTGTATGACATTGACTCCTTGAATAATAACAAGgtgagtgactctatgttagattgaacttcttgaacttcaataataacatggacaacttaatcaacttgaagttgccaagtcacctttcctaaactttaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggacaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctttcc