Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatgaactttggcataccttttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtggaacaatatactctttacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0060g00550.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os11g47330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatga-actttggcataccttttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtggaacaatatactctttacag
 ||||||||||| ||||| |||||  | || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||| | | | || |       |  |   ||   || ||   | ||||||        || | |  ||||  |||| | |  |                      
CGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGCGGTGCTCCCAATGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTAGTACTTGATgtaagcactcaagatataaccataaccacatttctctccactcccttgttatgtcaatttgttaatgataacattcaat-gcag----------------------

upper sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os12g37870.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatgaactttggcataccttttgggctt-cagctctttgttaaaatttgctgctt---aaaataat-tttcatttgttgtggaacaatatactctttacag
|||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || || || ||||| || ||||| |||||  |||| ||||| ||||| ||| | ||||||||   |   ||          ||||||| ||||  ||| |   |  | |  ||| |    |   ||||| || ||| | |  |||| |                   
TGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGGATgtaagggctccagag-------gaaccttttcggctgacagtttgatcattatgtttccgctctgacaaaatgatatttgaatctttgtag-------------------

upper sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os11g47120.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatga-actttggcataccttttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtggaacaatatactctttacag
                       |  | |  ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||  |||| ||||| ||||| || ||||||||||| | | | || |       |  |   ||   || ||   | ||||||        || | |  ||||  |||| | |  |                      
-----------------------AATTAGAAAACTATGCAGAGTATAGCGGTGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTAGTACTTGATgtaagcactcaagatataaccataaccacatttctctccactcccttgttatgtcaatttgttaatgataacattcaat-gcag----------------------

upper sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G107082_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatg--aactttggcatacct--tttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtgg-aacaatatactctt-tacag
|||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  || | ||| | |||||||||||||||||||| ||  ||   ||| ||| ||   ||  | |   || ||   | ||   |  ||   ||| ||   | ||| ||    |  | ||  ||| ||| | |    |  ||
TGGAGACTTGGGATATGCATCAGAGCTTGGAAACTATGCAGAGTATAGTGGTGCTCCTAATGAGGAGGAGGTTCTGAATTATTCTAGAGTTGTTCTTGATgtaagcaaacattgtaaccttgtcaatgctgctcttaactcca---ccttaggaccatcatctggttgggacaatgttaggatcatctgctaaccatacaattaaatgtag

upper sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G034083_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaa-attatgaactttggcataccttttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtggaacaatatactctttacag
||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||| ||||| |||||  || | |||||||||| | ||  | ||||    |  || |     ||| | || ||    | || |  | | | ||    ||||||  |  ||  |                   
TGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGGATgtaagaacagtagaacctttcagctgtctatct--tttctgttcgttacatatatct--ttcatgaatatgttttcaactcgtgcag-------------------

upper sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: AT1G09430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatgaa--ctttggcataccttttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtggaacaatatactctttacag
||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||  ||    ||    ||||| |     ||     |   || | | | ||| |||   | || | | |     | || |   |    ||               
TGGGGATTTAGGTTATGCATCAGAGCTTGGAAACTACGCAGAGTATAGTGGAGCACCTAATGAGGAAGAGGTGTTACAATATGCAAGAGTTGTCATTGATgtgagtcatggcaaagaacttggccttttccttaattgttt-ctatctataaaattttagagattcacagaccaaacgttcgggctttctcag--------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402711|gb|CF208338.1|CF208338
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771480|gb|CN007332.1|CN007332
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|71870972|gb|DT020027.1|DT020027
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|29783688|gb|CB350023.2|CB350023
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30300959|gb|CB977753.1|CB977753
EST:     GAGGAAGAAGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33410181|gb|CF215808.1|CF215808
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCGGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30253173|gb|CB970724.1|CB970724
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30301408|gb|CB978202.1|CB978202
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGTTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30256368|gb|CB972211.1|CB972211
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33404234|gb|CF209861.1|CF209861
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|29783867|gb|CB350325.2|CB350325
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45770305|gb|CN006157.1|CN006157
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|71890536|gb|DT039591.1|DT039591
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|71870674|gb|DT019729.1|DT019729
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|83275433|gb|DV939441.1|DV939441
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33401628|gb|CF207255.1|CF207255
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771805|gb|CN007657.1|CN007657
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771366|gb|CN007218.1|CN007218
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|77578610|gb|DV218094.1|DV218094
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771374|gb|CN007226.1|CN007226
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|349832974|gb|FQ416352.1|FQ416352
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCCGACCCTGACGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30301339|gb|CB978133.1|CB978133
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|352794922|gb|FQ477032.1|FQ477032
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGGCCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30300892|gb|CB977686.1|CB977686
EST:     TATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: TATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30298308|gb|CB975102.1|CB975102
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771291|gb|CN007143.1|CN007143
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|77586266|gb|DV222232.1|DV222232
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30298235|gb|CB975029.1|CB975029
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|83275729|gb|DV939737.1|DV939737
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771364|gb|CN007216.1|CN007216
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771785|gb|CN007637.1|CN007637
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771092|gb|CN006944.1|CN006944
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|156735475|gb|EV239596.1|EV239596
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771387|gb|CN007239.1|CN007239
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33410422|gb|CF216049.1|CF216049
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45770416|gb|CN006268.1|CN006268
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30137171|gb|CB922509.1|CB922509
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|110724074|gb|EE099583.1|EE099583
EST:     GTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33404311|gb|CF209938.1|CF209938
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|30253098|gb|CB970649.1|CB970649
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|34363267|gb|CF404852.1|CF404852
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTGGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTCCTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATAGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|110363975|gb|EC927611.1|EC927611
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|46910160|gb|CN545535.1|CN545535
EST:     GAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33409430|gb|CF215057.1|CF215057
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|77579387|gb|DV218527.1|DV218527
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|34362299|gb|CF403884.1|CF403884
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|110420694|gb|EC986971.1|EC986971
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|33407817|gb|CF213444.1|CF213444
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCTATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|46910399|gb|CN545774.1|CN545774
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|37189020|gb|CF608369.1|CF608369
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|110698064|gb|EE075650.1|EE075650
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|110710370|gb|EE086656.1|EE086656
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|161712274|gb|FC061897.1|FC061897
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|71871483|gb|DT020538.1|DT020538
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|45771800|gb|CN007652.1|CN007652
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGGGTTGTTCTTGAT                         TGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
EST: gi|110725762|gb|EE102635.1|EE102635
EST:     GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGAT                         TGTGTTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG
genomic: GAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaatt ... ctctttacagTGTGCTACTGCTGACCCTGATGGCCGTAAGAGAGCCCTTCTCATTGGAGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTGATgtaagaaattatgaactttggcataccttttgggcttcagctctttgttaaaatttgctgcttaaaataattttcatttgttgtggaacaatatactctttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG