Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgcttatatgatctataactatctgttaattcctacttatatctacattccttatgaccaactgtatgttttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0006g01790.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349821518|gb|FQ408077.1|FQ408077
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|71867004|gb|DT016059.1|DT016059
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|77585036|gb|DV221603.1|DV221603
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|352777638|gb|FQ466691.1|FQ466691
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|352778016|gb|FQ467069.1|FQ467069
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349833335|gb|FQ416713.1|FQ416713
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349820762|gb|FQ404136.1|FQ404136
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349817382|gb|FQ405386.1|FQ405386
EST:     ATGACCGAGACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|352777869|gb|FQ466922.1|FQ466922
EST:     ATGACGGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349811362|gb|FQ407588.1|FQ407588
EST:     ATGATCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349826361|gb|FQ417858.1|FQ417858
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|351013683|gb|FQ433835.1|FQ433835
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|71867277|gb|DT016332.1|DT016332
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|351028613|gb|FQ446286.1|FQ446286
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|351017081|gb|FQ424508.1|FQ424508
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349807775|gb|FQ402166.1|FQ402166
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349813416|gb|FQ413650.1|FQ413650
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|71866255|gb|DT015310.1|DT015310
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|351029000|gb|FQ435001.1|FQ435001
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|349815167|gb|FQ410390.1|FQ410390
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|351029862|gb|FQ427702.1|FQ427702
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
EST: gi|77578566|gb|DV218076.1|DV218076
EST:     ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGG                         GCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG
genomic: ATGACCGAAACGGGGTGCCAATTGGTCCAAGGgtaatgctta ... atgttttcagGCAAACTCTTTTTGGCTTTACATTGTACCATGGGGTATGTACAAGACTGTG