Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACATCCGAATCTTTCTCACCAATTTGCCTGCCAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtgggatatgtctcaaagacttctttttcttctcatactcattcaatgcttaccttcttggattctgttcagttattgcatttagtcttgggactg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g02820.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g02820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g74460.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GACATCCGAATCTTTCTCACCAATTTGCCTGCCAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtgggatatgtctcaaagacttctttttcttctcatactcattcaatgcttaccttcttggattctgttcagttattgcatttagtcttgggactg
||| || || ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||| || |||||||||||||| |||| | |||||||||||   |||| ||      |  | | |   || | ||     |  ||        |   |  | |   |   | || || ||| ||   ||  |   
GACTTCGGAGTCTTTTTCACCCATATGCCTTCCAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaatatatcatctgaatatgtatgctttttaatctgtgtcgaaataacttataagtacaataaatagtgctaatgtattgaggtgtgatatct

upper sequence: Vv06s0004g02820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: AT2G28390.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
GACATCCGAATCTTTCTCACCAATTTGCCTGCCAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtgggatatgtctcaaagacttctttttcttctcatactcattcaatgcttaccttcttggat-tctgttcagttattgcatttagtcttgggactg
|||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |   ||| |||||  |||| |||||||| |   |||||||||||   |||  | | ||   ||||||         | | |||| ||  |   ||  | |   || |    | | |   ||  | |||           
GACATCAGAATCTTTCTCACCAATCTGCCTACCAAGATACAACGCTCAGGCCTTTTTGCATGCCTATGTCCACTTCTTTGATgtgagtcaaatacttgtaaagagcttctt---------aaattcatccacagtgcacaatgtgaaatattaacttactcgatg-gtgtag-----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22014663|gb|BQ799697.1|BQ799697
EST:     CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGAT                         G-TGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
genomic: CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtggga ... cttgtggcagGTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
EST: gi|33403777|gb|CF209404.1|CF209404
EST:     CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGAT                         GTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
genomic: CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtggga ... cttgtggcagGTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
EST: gi|22014543|gb|BQ799577.1|BQ799577
EST:     CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGAT                         GTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
genomic: CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtggga ... cttgtggcagGTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
EST: gi|110699831|gb|EE077188.1|EE077188
EST:     CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGAT                         GTTGACCCATACTTGATGTTGCTTACTA
genomic: CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtggga ... cttgtggcagGTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTA
EST: gi|33403454|gb|CF209081.1|CF209081
EST:     CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGAT                         GTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT
genomic: CAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtggga ... cttgtggcagGTTGACACATACTTGATGTTGCTTACTACTAAATCAGATGCTTTCTATCAT