Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACTACTGGAGGATGGGACACAGGTGTATTCTTCTGTTGTTTTGTCAAATGCAACCCCTTATAAGACTTTCATGgtaagaagttcaatgttattaaaactttgggacgatattaatacattaaaaagagatgttttatgatatatgtaaatgaaaaaggaaaatgcagatgagttatgacgatttttttaatcaaaagctatgatttttctgattcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g01790.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g01790.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA02G06340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTACTACTGGAGGATGGGACACAGGTGTATTCTTCTGTTGTTTTGTCAAATGCAACCCCTTATAAGACTTTCATGgtaagaagttcaatgttattaaaactttgggacgatattaatacattaaaaagagat-gttttatgatatatg--taaatgaaaaaggaaaatgcagatgagttatgacgatttttttaatcaaaagctatgatttttctgattcag
||     |||  ||||| ||  | ||| |||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| |   | ||  |   |  || ||    ||    ||   || |  |   || ||   |||||   || ||  || |||||  ||                                                            
GTGGCTTTGGCTGATGGTACTGAAGTGCATTCTTCAATTGTTTTGTCTAATGCAACTCCATATAAAACTTTCATGgtaaaattctaaaattggctgcaaattcta-acttctttggcacctacacttgatattaatttatagcatctgcttatatgaaccag------------------------------------------------------------