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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGAGCAAACAGAGCCTGCTACCTACAACAATGCTCCTCTTATTGGCTTATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacagggtggttttttgttttattgcttgcatgtggaagtctttggttcctaagtcattgagtttaagttatgcatttccgtggttaatgatcaatgtttttgttttacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g01380.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA08G02610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TATGAGCAAACAGAGCCTGCTACCTACAACAATGCTCCTCTTATTGGCTTATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacagggtggt-tttttgttttattgcttgcatgtggaagtctttg--gttcctaagtcattgagtttaagttatgcatttccgtggttaatgatcaatgtttttgttttacag
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TATGAGCAGACAGAGCCAGCAACATATAACAATGCTCCTCTTATTGGTATTCTGGCAAGACTAGGTGGAGGTCATGGTGGCTATAACCAGCTTCTTCCAGgtattgtcatcattattcttgctttatgtccctctcgttaaaactcttgcagtgatgataatatactaatcagctttaatttcttccttgcag------------------------

upper sequence: Vv02s0025g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA05G36930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TATGAGCAAACAGAGCCTGCTACCTACAACAATGCTCCTCTTATTGGCTTATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacagggtggttttttgttttattgcttgcatgtggaagtctttggttcctaagtcattgagtttaagttatgcatttccgtggttaatgatcaatgtttttgttttacag
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TATGAGCAGACAGAGCCAGCAACCTATAACAATGCTCCTCTTATCGGTATTCTGGCAAGACTAGGTGGAGGTCATGGTGGCTATAACCAGCTTCTTCCAGgta-------ttgccatcattattctcgctt---tatgcccctctcctgtta--aaattcttgtactgatgataa-------tatagtaatcagctttagttacttccttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56409699|gb|CX017951.1|CX017951
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCCA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|56409333|gb|CX017585.1|CX017585
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCCA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|110379229|gb|EC944411.1|EC944411
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|37184191|gb|CF603545.1|CF603545
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|33405349|gb|CF210976.1|CF210976
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCATCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|110370959|gb|EC934612.1|EC934612
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|30297299|gb|CB974093.1|CB974093
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|34544409|gb|CF512641.1|CF512641
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|56409540|gb|CX017792.1|CX017792
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCCA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|161710525|gb|FC058533.1|FC058533
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA
EST: gi|56409207|gb|CX017459.1|CX017459
EST:     ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAG                         TGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCCA
genomic: ATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacaggg ... tgttttacagTGGTTCTTCCAGCTCCCAAGGAGGTTGTTACCCAACCAAAATCAGCTCCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TATGAGCAAACAGAGCCTGCTACCTACAACAATGCTCCTCTTATTGGCTTATTGGCTCGACTAAGCGGTGGTCATGGTGGATACAACCAGCTACTTCCAGgtacacagggtggttttttgttttattgcttgcatgtggaagtctttggttcctaagtcattgagtttaagttatgcatttccgtggttaatgatcaatgtttttgttttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
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