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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttcagatctcttagtttctcaggttaaaggaacttaactataaaagtgtagttgattgaaggaacttaactctgaaaggaatactgattctga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0012g02790.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351035676|gb|FQ463521.1|FQ463521
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATT
EST: gi|110705231|gb|EE081878.1|EE081878
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTATTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|352794074|gb|FQ479316.1|FQ479316
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTC
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTC
EST: gi|26258680|gb|CA809743.1|CA809743
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATT
EST: gi|351034454|gb|FQ463267.1|FQ463267
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCCATTGTCTTTGAAAGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTG
EST: gi|351034375|gb|FQ463188.1|FQ463188
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAAGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCA
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCA
EST: gi|110364860|gb|EC928418.1|EC928418
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|110704711|gb|EE081697.1|EE081697
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTATTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351052620|gb|FQ452532.1|FQ452532
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         CGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACC
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACC
EST: gi|352790200|gb|FQ481399.1|FQ481399
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTT
EST: gi|351055369|gb|FQ441967.1|FQ441967
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCGATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGAT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGAT
EST: gi|32461120|gb|CD802294.1|CD802294
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351036160|gb|FQ464005.1|FQ464005
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCCTTCAGCAATTGAATTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|110392190|gb|EC957433.1|EC957433
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|22010972|gb|BQ796006.1|BQ796006
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|71884210|gb|DT033265.1|DT033265
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|110428271|gb|EC994738.1|EC994738
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351027248|gb|FQ444497.1|FQ444497
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAACAATT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATT
EST: gi|22010685|gb|BQ795719.1|BQ795719
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351033642|gb|FQ462172.1|FQ462172
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351032807|gb|FQ461696.1|FQ461696
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|352798335|gb|FQ480360.1|FQ480360
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGAG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351033496|gb|FQ462147.1|FQ462147
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351039606|gb|FQ461473.1|FQ461473
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTT
EST: gi|26257869|gb|CA808932.1|CA808932
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATT-GTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|352790134|gb|FQ481333.1|FQ481333
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTTAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGAT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGGAT
EST: gi|110724316|gb|EE100035.1|EE100035
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTATTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
EST: gi|351056762|gb|FQ443389.1|FQ443389
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGT
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGT
EST: gi|351044729|gb|FQ443260.1|FQ443260
EST:     ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGAC                         GGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG
genomic: ATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttc ... ttaatctcagGGGCATCCTTTCAGCAATTGATTTGTTCTCTGACCATGTGCTTGTGGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTTGAAGGGAAGTCATTGACgtaagttttcagatctcttagtttctcaggttaaaggaacttaactataaaagtgtagttgattgaaggaacttaactctgaaaggaatactgattctga

- - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaggaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tataaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aggaata