1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
CTTTTTCACCAATACCCTTATTCTTCCAGCAATAAATGGACCTACAGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtctgcaccctgaagtactagtcttctttcatttatatcaatatgcatgctgaaacttttgaaatcccacacatgattactttttcctttttgacggtaacatgagtcctccttttcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0010g00950.t01 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTTGC-ANNNNNNNACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGEST: gi|110701014|gb|EE078175.1|EE078175
genomic: GAGGGGCTCATGCTGATATACTTTT-GCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGG
EST: ACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTEST: gi|349824351|gb|FQ417738.1|FQ417738
genomic: ACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
EST: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTEST: gi|110694296|gb|EE071276.1|EE071276
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
EST: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTTGGAA-GTCTATGCCCTTTTTAAAGEST: gi|351014955|gb|FQ444244.1|FQ444244
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTT-GGAAAGTCTATGCCCTTTTTAA-G
EST: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAAEST: gi|33409238|gb|CF214865.1|CF214865
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAA
EST: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTTEST: gi|110687900|gb|EE065836.1|EE065836
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
EST: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCANNNNNNNACAGCTATAGTTG GTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
genomic: AGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtct ... tccttttcagGTGCTCAATGGTGGGTTCAAGAATTTGGAAAGTCTATGCCCTTTTTAAGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTTTTCACCAATACCCTTATTCTTCCAGCAATAAATGGACCTACAGAGGGGCTCATGCTGATATACTTTTGCCATTTTTTTACAGCTATAGTTGgtatgtgtctgcaccctgaagtactagtcttctttcatttatatcaatatgcatgctgaaacttttgaaatcccacacatgattactttttcctttttgacggtaacatgagtcctccttttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT