Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAGgtatggttcaattctctgaaatacatgctcacatatgaactacacatgtgcaccaacatatatgtttgtttgtttgttttggttttacttaagatattttttacatggcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0220g00070.t01
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352785573|gb|FQ475576.1|FQ475576
EST:     CTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAG                         GCAGCATCACCATGGCTTTATGTGGTTCCTTGGGGTATCCGAAAAGTTCTC
genomic: CTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAGgtatggttca ... tacatggcagGCAGCATCACCATGGCTTTATGTGGTTCCTTGGGGTATCCGAAAAGTTCTC
EST: gi|30137821|gb|CB923159.1|CB923159
EST:     GCTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAG                         GCAGCATCACCATGGCTTTATGTGGTTCCTTGGGGTATCCGAAAAGTTCTC
genomic: GCTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAGgtatggttca ... tacatggcagGCAGCATCACCATGGCTTTATGTGGTTCCTTGGGGTATCCGAAAAGTTCTC
EST: gi|33404247|gb|CF209874.1|CF209874
EST:     CTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAG                         GCAGCATCACCATGGCTTTATGTGGTTCCT
genomic: CTGAATGGGATGGGGGTGAGGTCATCGGTGAAAAGgtatggttca ... tacatggcagGCAGCATCACCATGGCTTTATGTGGTTCCT