Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatccttatatctgtataatcttcttttattggctttcatggaaattactcttgatttggtttcatcttaagttggaaataacattttgcaacttgga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G128114_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatccttatatctgtataatcttcttttattggctttcatggaaattactcttgatttggtttcatctta--agttggaaataacattttgcaacttgga--------
  | || ||||||||||| || ||| | || || || ||  | |||||  ||||| | ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |           | |  ||| | |||    |  |   |  ||| | || |||| ||   |  |||  | ||   ||  ||   ||  || |||||        
TTTGGCCTGTGGCTGCACTGTTGTTGTCAAGCCATCAGAGTTCACACCTCTGACATCATTAGCTGCAGCAGATCTTGCTCTTCAAGCTGGAATACCAGCGgtaatcatctcg-------agttctctatcattcctgtcta---attttagtatttattttgtcaaaagttactaattatgaagtaccccttataatttggaatagcaga

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatc-cttatatctgtataatcttcttttattggctttcat-ggaaattactcttg-atttggtttcatcttaagttggaaataacattttgcaacttgga-
|||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||  | || || ||||| ||||  || ||  || ||||||||||||||||||||||| |  |||  |  |   |      ||   ||     ||||| | | |||   |||  | ||    |||| ||  ||||    | |  ||||| || ||    
CCTTGCATGTGGCTGTACAGTGGTCATAAAGCCCTCTGAACTTACACCTCTCACTGCTTTAGCTGCAGTGGAACTCTCCATTCAAGCTGGAATACCACCGgtagtttcttgaacatacttttatcactgcaatgaaagttcattgcatatttggcttacagtttccatcattttcggttg----tgatgttttgtaatttaata

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA15G41690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatc-cttatatctgtataatcttcttttattggctttcatggaaattactcttgatttggtttcatcttaagttggaaataacatt--ttgcaacttgga
|||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  | || || ||||| ||||| || ||  || ||||||||||||||||||||||| |  |||  |  |   |      ||          ||||| | |  |  |  ||   || | |  |  ||| || | ||| | |||  ||| || |||  
CCTTGCATGTGGCTGTACAGTGGTCATAAAGCCCTCTGAACTTACGCCTCTCACCGCTTTAGCTGCAGCGGAACTCTCCATTCAAGCTGGAATACCACCGgtagtttcttgaacatacttttatgactgcagcgaaagttcattgcatatttttctgtcgtgatgtt-ttgtaatttagtaatcaaatttgttgaaaattg--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825250|gb|FQ417971.1|FQ417971
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|349827094|gb|FQ421367.1|FQ421367
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATG
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATG
EST: gi|351022976|gb|FQ428885.1|FQ428885
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGGAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
EST:     GAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGCGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: GAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351012435|gb|FQ427036.1|FQ427036
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGGCTC-TGAAATTGGGGATGCTTT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATG-CTCCTGAAATTGGGGATGCTTT
EST: gi|351023404|gb|FQ432787.1|FQ432787
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCTAGCTGGAATACCATCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351022813|gb|FQ428722.1|FQ428722
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351012851|gb|FQ430414.1|FQ430414
EST:     TGACAGCCTTAACAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCT
EST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351024564|gb|FQ426373.1|FQ426373
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCT
EST: gi|77587321|gb|DV222801.1|DV222801
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|349823645|gb|FQ415055.1|FQ415055
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATGGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351014822|gb|FQ438022.1|FQ438022
EST:     ACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTTGCC-TTCAAGCTGGAATACCCACCG                         GGTGCTGTGAATGGGGTCTTTGGAAATTGCTCCT
genomic: ACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTT-GCCCTTCAAGCTGGAATACC-ACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAAT-GCTCCT
EST: gi|30300500|gb|CB977294.1|CB977294
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAAT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAAT
EST: gi|33405914|gb|CF211541.1|CF211541
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATGCCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGATATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|33407740|gb|CF213367.1|CF213367
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|161718701|gb|FC066339.1|FC066339
EST:     TGTCAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351033615|gb|FQ447774.1|FQ447774
EST:     TGACAGCCTTAGCACCAGCTGAGCTTGTCCTTCAAGCTGGAATACCACCC                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAA
EST: gi|71856998|gb|DT006053.1|DT006053
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|110685428|gb|EE062138.1|EE062138
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTTGGAA-TGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTT-GGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTT
EST: gi|349824141|gb|FQ417528.1|FQ417528
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|110703160|gb|EE079765.1|EE079765
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTTGGAA-TGCTCCCTGAA-TTGGGGATGCTT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTT-GGAAATGCTCC-TGAAATTGGGGATGCTT
EST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|349827446|gb|FQ422314.1|FQ422314
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGGATGCTT
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGG-TGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGG-ATGCTT
EST: gi|351012714|gb|FQ430277.1|FQ430277
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGGAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|349828464|gb|FQ417206.1|FQ417206
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCCCCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAGATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|351016508|gb|FQ423935.1|FQ423935
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
EST: gi|110712898|gb|EE088347.1|EE088347
EST:     GACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCCTGGCCTTTCA-GCTGGAATAACACCG                         GGTTGCTGTGGATGTGGTCTTT
genomic: GACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTT-CAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGT-GCTGTGAATGTGGTCTTT
EST: gi|349832403|gb|FQ420964.1|FQ420964
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGGTGAATGTGGTCTTTGGAA-TGCTCCTGA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTG-TGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGA
EST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
EST:     TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCG                         GGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA
genomic: TGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatcctta ... aatcacttagGGTGCTGTGAATGTGGTCTTTGGAAATGCTCCTGAAATTGGGGATGCTTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAACTTACACCATTGACAGCCTTAGCAGCAGCTGAGCTTGCCCTTCAAGCTGGAATACCACCGgtaatccttatatctgtataatcttcttttattggctttcatggaaattactcttgatttggtttcatcttaagttggaaataacattttgcaacttgga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataa