1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
ATGGACATAATGAGGCAGAATTCGGAATGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcatgatatctaaacaatcataagttagaaagatgaaaagaaagtcatctattgctaatccaaactccaaaccaacctgtcgattgtgggattgttagatggtttcttttgggagtaatttgttatgaaattttataatgtag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0048g01810.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTGEST: gi|30320371|gb|CD003633.1|CD003633
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTGEST: gi|351044742|gb|FQ448996.1|FQ448996
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTTGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG GTGATGCCAAAAEST: gi|32245151|gb|CD710970.1|CD710970
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAA
EST: TGTCATGGTGTGTTGGCTTTGGAGGATCTTTTTACAATGCTTATTTTGAG GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGAGGTGTACATGTTGEST: gi|18458320|gb|BM436598.1|BM436598
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTGEST: gi|28966778|gb|CB345811.1|CB345811
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
EST: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAG GTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
genomic: TGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcat ... tataatgtagGTGATGCCAAAACAAGCAGGGTTCGAGAAGAGGAGAGATGTGTACATGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGGACATAATGAGGCAGAATTCGGAATGTCATGGTGTGCTGGCTTTGGAGGATCTTTCTACAATGCTTATTTTGAGgtatggtcatgatatctaaacaatcataagttagaaagatgaaaagaaagtcatctattgctaatccaaactccaaaccaacctgtcgattgtgggattgttagatggtttcttttgggagtaatttgttatgaaattttataatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT