Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTATCTCCATTTGATTTATCAATGGGGAAAGATGACTGCAAGTCAAGCAGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgatttgaaataatagttctaatttgcatgattatgcatgaattaaccttattaatttccttttataacattcaatggtttttttaatgtgctatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0036g00430.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30322002|gb|CD005264.1|CD005264
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|46918077|gb|CN547406.1|CN547406
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|110357644|gb|EC921282.1|EC921282
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|71866162|gb|DT015217.1|DT015217
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|22008216|gb|BQ793250.1|BQ793250
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|71877245|gb|DT026300.1|DT026300
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|352776869|gb|FQ474176.1|FQ474176
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|110359437|gb|EC920918.1|EC920918
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
EST: gi|110406253|gb|EC971820.1|EC971820
EST:     AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAG                         GTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT
genomic: AGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgat ... tgtgctatagGTCATCAGCGACAGGTGTCTTCTTGTGATGCTGCTACATGGTATTATGGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTATCTCCATTTGATTTATCAATGGGGAAAGATGACTGCAAGTCAAGCAGGATCCTTCGCTTCTCGGCCAGTGTCTGCTGATTATGATTCTGGCAAAGgtttattgatttgaaataatagttctaatttgcatgattatgcatgaattaaccttattaatttccttttataacattcaatggtttttttaatgtgctatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG