Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGGCGTCGGATAATGAACTCACAGGAAACATACCTGATTTCATTGGGAATTGGTCAAAGCTAACTGTCTTgtaagggaacgttatcagttttttaatcattattttccttcacttatgcttagattacatgccttaattcactttatgctataaattcaatgtaaatgtatgtcttttaagggatgtgaacttttcataccatgatattcaactttatagagtacttctatatttttataatctgcttcttcaaactgtttctgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0055g00590.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G151567_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GTGGGCGTCGGATAATGAACTCACAGGAAACATACCTGATTTCATTGGGAATTGGTCAAAGCTAACTGTCTTgtaagggaacgttatcagttttttaat-cattattttccttcacttatgcttagatta-catgccttaattcactttatgctataaattcaatgtaaatgtatgtcttttaagggatgtgaacttttcataccatgatattcaactttatagagtacttctatatttttataatctgcttcttcaaactgtttctgtag
 ||||| ||||| || ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||   | |  || |    ||  ||||||   ||  | | | ||  || |  || |  ||   | || |||| | |  |  |  ||  |||     |   | ||| |||     | | |     | |||  |                                                                                           
CTGGGCATCGGACAACGACTTCACAGGAAAAATACCTGATTTCATTGGGAACCTGACTCAGTTGGAAGTTCTgtaagactac--tgttaattccttcacacaatcattcggtacaattattcatgaaccaatatttcttgg---aaactgtgcaatagg---actttgtgcatttgttct-------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA08G25590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGGGCGTCGGATAATGAACTCACAGGAAACATACCTGATTTCATTGGGAATTGGTCAAAGCTAACTGTCTTgtaagggaacgttatcagttttttaatcattattttccttcacttatgcttagattacatgccttaattcactttatgctataaattcaatgta-aatgtatgtcttttaagggatgtgaacttttcataccatgatattcaactttatagagtacttctatatttttataatctgcttcttcaaactgtttctgtag
 ||||| || || |  |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||      ||||||||  |||  || || |||| |  || |   |||  || |  ||||  ||| | | |    ||     |   |    ||||  ||  ||||  |||  |||| ||        ||| || ||   || |     |||||||    |  ||||| |  || |||||| | |  || |   |      || |   |||
ATGGGCTTCAGACACGGAACTCACAGGAAAAATACCGGACTTCATAGGGAATTGGTCTAAGCTTCAATCCTTgtaagacaacaata-caattttctcttcctc-ctttaattgaaatatg--taggtgaaaaattttgggcaaaaatcaattata--ttggatgtggaattaatgttttccttttattgttaatttcatattc-----tattcaaaa--aatgagtattaata-atttttgtgaattgttgtat------gtcttgatag

upper sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA08G25600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGGGCGTCGGATAATGAACTCACAGGAAACATACCTGATTTCATTGGGAATTGGTCAAAGCTAACTGTCTTgtaagggaacgttatcagttttttaatcattattttccttcacttatgcttagattacatgccttaattcactttatgctataaattcaatgtaaatgtatgtcttttaagggatgtgaacttttcataccatgatattcaactttatagagtacttctatatttttataatctgcttcttcaaactgtttctgtag
  | || || || |  |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||      ||||||||  |||  || || || |||  || |   |||  || |  ||||  ||| | | |    ||     |   ||   ||||  ||  ||||  |  ||    |||      |||   ||||| ||||   || |    || |     || || |  || |||||| | |  || |   |      || |   |||
AGGAGCTTCAGACACGGAACTCACAGGAAAAATACCAGACTTCATAGGGAATTGGTCTAAGCTTCAAACCTTgtaagacaacaata-caattctttcttcctc-ctttaattgaaatatg--taggtgaaaaattttgggcaaaaataaattata--ttggatgtggaattaaagttttccttttatggttacttt-catattctgttccaaaaat-----gattattaata-atttttgtgaattgttgtat------gtcttgatag