1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACATAGTGAACATTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatggtttctgattcctatttctatattcagtgtgaaaaggccttgtttttttaaacaataaggtatgaaaatttgtgcttcattttgaatgga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g05250.t01 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|26258389|gb|CA809452.1|CA809452
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: CCTTCTCAAAAGCCTATGGGGATGATGGGATGGGCGGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGGCCTTGGCGCACAACTCCCTCAAAGEST: gi|110386740|gb|EC951361.1|EC951361
genomic: CCTTCTCAAAAGCCTAT-GGGATGATGGGAT-GGC-GAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGA-GGGCCTTGGCGCACAACT-CCTCAAAG
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|161714897|gb|FC064519.1|FC064519
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCCTCAAEST: gi|110723540|gb|EE100970.1|EE100970
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCC-TCAA
EST: GGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|349816605|gb|FQ399594.1|FQ399594
genomic: GGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|110410711|gb|EC976403.1|EC976403
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|110378361|gb|EC943489.1|EC943489
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|110386759|gb|EC951381.1|EC951381
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|22011786|gb|BQ796820.1|BQ796820
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|110693324|gb|EE069456.1|EE069456
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTCEST: gi|110394684|gb|EC959919.1|EC959919
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
EST: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTAT ATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
genomic: TTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatg ... atgcctgcagATAGCATACCCCTCAAATGTGGAGGGCCTTGGCGCACAACTCCTCAAAGTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACATAGTGAACATTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGAGTTGGTTATgtaagtaatggtttctgattcctatttctatattcagtgtgaaaaggccttgtttttttaaacaataaggtatgaaaatttgtgcttcattttgaatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgaaaa