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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgctctttgcaaatgcagaagcatgtattgtaagccaggtttctgattaactaatgtgctgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0151g00860.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351055280|gb|FQ441878.1|FQ441878
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|27580560|gb|CB003255.1|CB003255
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351054424|gb|FQ450507.1|FQ450507
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|352790943|gb|FQ479936.1|FQ479936
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351054345|gb|FQ450428.1|FQ450428
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351053960|gb|FQ441726.1|FQ441726
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351038630|gb|FQ464496.1|FQ464496
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351041932|gb|FQ456142.1|FQ456142
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCANGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351044390|gb|FQ452942.1|FQ452942
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACNAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351056109|gb|FQ453571.1|FQ453571
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCANGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351057496|gb|FQ440090.1|FQ440090
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351044595|gb|FQ443126.1|FQ443126
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|27579662|gb|CB002357.1|CB002357
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|352790264|gb|FQ481463.1|FQ481463
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|352798862|gb|FQ478497.1|FQ478497
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|32250149|gb|CD715968.1|CD715968
EST:     ATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGANCA-GGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAG
genomic: ATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGA-CAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAG
EST: gi|351032736|gb|FQ462450.1|FQ462450
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351039837|gb|FQ464875.1|FQ464875
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351037996|gb|FQ460738.1|FQ460738
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACCTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAAGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351044516|gb|FQ443047.1|FQ443047
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351054394|gb|FQ450477.1|FQ450477
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTCTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|352789760|gb|FQ478575.1|FQ478575
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351054311|gb|FQ450394.1|FQ450394
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351037499|gb|FQ460698.1|FQ460698
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351039712|gb|FQ464750.1|FQ464750
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351038914|gb|FQ457589.1|FQ457589
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351039029|gb|FQ457704.1|FQ457704
EST:     GATCTCTTATGAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351057344|gb|FQ454026.1|FQ454026
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351055936|gb|FQ453397.1|FQ453397
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
EST: gi|351053868|gb|FQ441634.1|FQ441634
EST:     GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG                         GGCTACTTCTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG
genomic: GATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAGgtatgcttgc ... tgtgctgcagGGCTACTTTTCACCAGTAGTTGTTAAATATGCTAGCAGTCATCAGGAGAAG