Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g00740.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G002699_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag
|||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||| || || || ||    |||||  | || || || || || || ||| ||||||  | |  | || |   |  |  | |   | |   |  | ||   |  |||||      | | |      |   ||    | | || |       ||||      
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATTGCTCTCTCAACTATTATCTTCCCTGAATCCGTTATTACAAGTCTCAACATAATTGGATACGCAGTTGgtaattatgtactccctccatcttaaaatagtattcgtttttgctctagatttttatgtctatattcaactagacgatgatgaatata-gacacatatata------

upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA13G18040.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag
|||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||   || | ||||    || |  |  |  |  ||  |  | || |  | ||  ||   || || | |                                 
GTTGCTGGAGTGCTCAAGGACTGGATATTAATAGCCCTTTCGACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATAACTGGGCTGAATATAATTGGCTATGCTATTGgtaagttttgtttgaaatgat---caaatatgatttaatatccctccctcatcatccttacatg-ttctacctgcag------------------------------

upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA17G04450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag
|||||||| || || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| ||||||| ||||   ||     ||| |  |  | ||       ||| ||    || ||    || | |  ||  ||   ||                              
GTTGCTGGGGTGCTTAAGGACTGGATATTGATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATAACTTGGCTGAATATAATTGGCTATGCTATTGgtaagttttgttt-----gaaatatatgattta------atatccctccctcttcatccttacatgttctacctgcag-----------------------------

upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA09G09220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattca--catgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag
|| |||||||| || || ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||  | |||||||| ||||||| || |   || |  |||||  | |   | |||||   | |  |   | |  |||  |    || ||    | |                                 
GTCGCTGGTGTGCTTAAAGACTGGATATTGATAGCTCTTTCAACTGTTATATTCCCAGAATCTACAATAACTGGGTTGAATATAGTTGGCTATGCTATTGgtaagtcttgtttgaatcatgatattcttca-ttctcccccctcactctaaccatttcat----aatttcctgcag---------------------------------

upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA15G21500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag
|| || ||||| || || ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| ||||||| || |||||||| ||||||  ||||        |||||       | |  | ||||| | || |    |     | ||| | ||||   |                                  
GTCGCCGGTGTGCTTAAAGACTGGATATTGATAGCTCTTTCAACTGTTATATTCCCAGAATCTACAATAACCGGGTTGAATATAATTGGCTATGCTATTGgtgagtttt-----gtatgaatcatgatattctttaatcacaccctccctctaaccatttcataattttcctgcag-------------------------------

upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT1G48230.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttcttataatgcag
|||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |  || ||||| || ||| ||||||   |  ||  ||  | |       |  || |   | | |  || |   |    |||| |      |  ||   ||  ||||  |||  |  |      
GTTGCTGGGGTTCTCAAAGACTGGATTCTCATAGCCCTCTCCACTGTCATATTTCCTGAGTCCACAATCACTGGGCTGAATATAACTGGATATGCTATAGgtttgtttcttctatcacaaaaagtaa-----ttggatgagctctaaaagttgtgcattgttaactatc-----ttctccttatcatatgtgtttggtgcag-----

upper sequence: Vv05s0020g00740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT3G17430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
GTTGCTGGTGTTCTGAAGGACTGGATACTTATAGCCCTTTCAACTGTTATATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttccattcacatgaagtgcagaagttctcaatcatagccacatcttttttctctcaaacttttaacggtcatctaaattgtatggttttct-tataatgcag
|| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || || || || ||||| ||||| |||||| ||||||| |  || || ||||| ||||  || |  || |  | |    ||  |  | | | |  |    |||||||| ||  ||     |||   |    | |||  |  | | ||  | | | | |  |||
GTGGCTGGTGTTCTCAAAGACTGGATTCTTATAGCCCTCTCAACCGTCATTTTCCCCGAGTCCACAATCACTGGGTTGAATATCACTGGATACGCAATAGgtagattac--ttgatgtca----caacaaatgtgattgctgtaaacatctttcttgact-ggtttttgcccacataactatttattcttgtcatgtgtttgacacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053340|gb|FQ459208.1|FQ459208
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCCATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349820070|gb|FQ404792.1|FQ404792
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349822247|gb|FQ412511.1|FQ412511
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTGTGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTTGAAG-TTAAGGATGTCCGT
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTT-GAAGGTTAAGGATGTCCGT
EST: gi|351019691|gb|FQ439508.1|FQ439508
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349816192|gb|FQ403688.1|FQ403688
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTGTGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349811641|gb|FQ409638.1|FQ409638
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTGTGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349819593|gb|FQ413477.1|FQ413477
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTGTGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAATGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|30302576|gb|CB979370.1|CB979370
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349813009|gb|FQ411249.1|FQ411249
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTGTGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|351042064|gb|FQ456274.1|FQ456274
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|349831143|gb|FQ420813.1|FQ420813
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAAGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|28960016|gb|CB340009.1|CB340009
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTGTCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|28959834|gb|CB339918.1|CB339918
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTGTCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
EST: gi|351034409|gb|FQ463222.1|FQ463222
EST:     ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTG                         CATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG
genomic: ATTTCCAGAGTCTACAATTACTGGGCTGAATATTATCGGCTATGCAATTGgtatgtttcc ... tataatgcagCATTATGTGGTGTTGTGATGTACAACTACTTGAAGGTTAAGGATGTCCGTG