Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGGCTGCGAGGAAACAATTTGGTTGGTACTTTGTCTCCTGATATGTGCCAGTTGACTGGGTTGTGGTATTTgtaagttttcgatacctttacctttccctcctagaacccatcctcagttttttcatttattgaaaatacttgagggcttttcccaatctatttttctctaccatttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g01970.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g01970.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA06G05900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
TGGGCTGCGAGGAAACAATTTGGTTGGTACTTTGTCTCCTGATATGTGCCAGTTGACTGGGTTGTGGTATTTgtaagttttcgatacctttacctttccctcctagaacccatcctcagttttttcatttattgaaaatacttgagggcttttcccaatctatttttctctaccatttgcag
|||  ||||||| ||||||||||| ||| |  | ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||      || || ||  ||      |  | ||  |    |||||     |   |  | || |  | |    |||   ||  | ||||| |              
TGGCTTGCGAGGTAACAATTTGGTGGGTTCACTTTCTCCAGACATGTGCCAGTTAACTGGATTGTGGTATTTgtaagtt---agaacattgactctttttatttcaagcc--ttgaaagtttacatttccttaaacaaaatgtaattagtttcttcataccattttgcag------------

upper sequence: Vv04s0008g01970.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA17G34380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
TGGGCTGCGAGGAAACAATTTGGTTGGTACTTTGTCTCCTGATATGTGCCAGTTGACTGGGTTGTGGTATTTgtaagttttcgatacctttacctttccctcctagaaccca--tcctcagttttttcatttattga--aaatacttgagggcttttcccaatctatttttctctaccatttgcag
 ||  || |||| ||||||||||||||| |  | || || || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||   |       | |  |||||  || || |||  |  | |   | | |||||  | |   ||||  |||  | ||| | |   |||||||                
AGGCTTGAGAGGGAACAATTTGGTTGGTTCACTATCACCAGACATGTGCCAGTTAACTGGGCTGTGGTATTTgtaagtttcaca-------atcactcccttttataatccaagttgtaaaaatgtgcatttcctaagtgaatatatgattgttttcctcctactattttgtag------------