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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGACGTAAATCAGGATGGGAGGATTGATAAATCTGAGTGGCAGAATTTTGTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatcacaatgttctggtctcaagcatcaacaatcatcacaatgaagctttttttgacagttgagtaattaatttgttggggtgcaaaaatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0236g00140.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0236g00140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os10g41510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CTGACGTAAATCAGGATGGGAGGATTGATAAATCTGAGTGGCAGAATTTTGTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggta-atcacaatgttctggtctcaagcatcaacaatcatcacaatgaagctttttttgacagttgagtaattaatttgttggggtgcaaaaatgcag---
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CTGATACTAATCAGGATGGGAGAATAGATAGAACAGAGTGGGAGAATTTTGTCTCAAGGAATCCCTCTTTATTGAAGATAATGACTCTTCCGTACCTCAAgtgagtataacagagaatagaaatatgga-cacattttactgctactatgtttatcttccatgct-ctaagaaattagt--ggtgctgttccaatttccaaagc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32246390|gb|CD712209.1|CD712209
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|110414802|gb|EC980660.1|EC980660
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|352789785|gb|FQ478600.1|FQ478600
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCCAGCTTTGTGTTTAATTCAG
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAG
EST: gi|27581540|gb|CB004235.1|CB004235
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|27580184|gb|CB002879.1|CB002879
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|110418331|gb|EC984477.1|EC984477
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|32245760|gb|CD711579.1|CD711579
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|349832733|gb|FQ422257.1|FQ422257
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTG-GTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|30131430|gb|CB916769.1|CB916769
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|110382953|gb|EC947286.1|EC947286
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|351019013|gb|FQ426512.1|FQ426512
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTNAN                         GGACATAACGACAACCTTTTCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|33401878|gb|CF207505.1|CF207505
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|351014198|gb|FQ434787.1|FQ434787
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTACCATATCTAAG                         GGACATAACGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGA
EST: gi|110716343|gb|EE091242.1|EE091242
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|30297304|gb|CB974098.1|CB974098
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
EST: gi|110699550|gb|EE076647.1|EE076647
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATA-TGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATA-CGACNACCTTTCCGATCTTTGTGGTTA-TTCA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCA
EST: gi|45770983|gb|CN006835.1|CN006835
EST:     GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAG                         GGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA
genomic: GTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatc ... aaaaatgcagGGACATAACGACAACCTTTCCGAGCTTTGTGTTTAATTCAGAGGTGGATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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CTGACGTAAATCAGGATGGGAGGATTGATAAATCTGAGTGGCAGAATTTTGTTTCTCGGAACCCATCATTGTTGAAGATAATGACACTTCCTTATCTAAGgtgggtaatcacaatgttctggtctcaagcatcaacaatcatcacaatgaagctttttttgacagttgagtaattaatttgttggggtgcaaaaatgcag

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