Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttcttatttatctcccacccatgaccactaatgcaattccttacatttgctcacttattttgattaatggtattggcattatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0012g02790.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351035676|gb|FQ463521.1|FQ463521
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351046180|gb|FQ442558.1|FQ442558
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTAATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTA-TAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTT
EST: gi|110705231|gb|EE081878.1|EE081878
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTATTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|352794074|gb|FQ479316.1|FQ479316
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|26258680|gb|CA809743.1|CA809743
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351034454|gb|FQ463267.1|FQ463267
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCCATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351034375|gb|FQ463188.1|FQ463188
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351037902|gb|FQ465140.1|FQ465140
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCCTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTC-TT
EST: gi|110364860|gb|EC928418.1|EC928418
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|110704711|gb|EE081697.1|EE081697
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTATTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351052620|gb|FQ452532.1|FQ452532
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|352790200|gb|FQ481399.1|FQ481399
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351055369|gb|FQ441967.1|FQ441967
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCGATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|32461120|gb|CD802294.1|CD802294
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTTCTGGCGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351036160|gb|FQ464005.1|FQ464005
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351016089|gb|FQ432044.1|FQ432044
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGGCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|110392190|gb|EC957433.1|EC957433
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|22010972|gb|BQ796006.1|BQ796006
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|71884210|gb|DT033265.1|DT033265
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|110428271|gb|EC994738.1|EC994738
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351027248|gb|FQ444497.1|FQ444497
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|22010685|gb|BQ795719.1|BQ795719
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|71874794|gb|DT023849.1|DT023849
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTG
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTG
EST: gi|351033642|gb|FQ462172.1|FQ462172
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351032807|gb|FQ461696.1|FQ461696
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|352798335|gb|FQ480360.1|FQ480360
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351033496|gb|FQ462147.1|FQ462147
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351039606|gb|FQ461473.1|FQ461473
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCCGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|26257869|gb|CA808932.1|CA808932
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|352790134|gb|FQ481333.1|FQ481333
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|110724316|gb|EE100035.1|EE100035
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTATTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351056762|gb|FQ443389.1|FQ443389
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351025681|gb|FQ426695.1|FQ426695
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351054105|gb|FQ450187.1|FQ450187
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
EST: gi|351044729|gb|FQ443260.1|FQ443260
EST:     GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCT                         ATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT
genomic: GACGAATAGTGCTCTGAACTTTGGTTGGTTTTTCCTGGTGTACGCTgtaagttctt ... cattatgcagATACACATTTGTTTTTGTATAGTTGCTGCTATTGCTCCTCCAATTGTCTTT