Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtcaccagcttttctctatatgatgcccgtggtgctgatctggatcataacataatga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0146g00310.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgc--acctggtgacttgtt-tgtcaccagcttttctctatatgatgcccgtggtgctgatctggatcataacataatga
||| || || ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||    |  | ||   ||  |  |||  | ||| |    | || | | |  |   |||         ||  ||    |  |  |   | |   |||||  || 
TGCCAAGTCGAACTACATGTCAGCTGGTCAGATAAACGTTCCTATTGTTTTTAGAGGGCCAAACGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGTGCTCAGCACTCTCAGgtttg-tgacagaaacttgttaatgcctatctgttattctattctattattattgtttggacggcaaataacca--atatttgtggtgttttgaacattttgc

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgact-tgtttgtcaccagcttttctctatatgatgcccgtggtgctgatctggatcataacataatga
||| || |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| |||||       | | |  |  ||  || |   | | |   |  | |   ||   |   || | ||  | |  | | ||     | ||     |      |   
TGCCAAGTCAAACTACATGTCAGCGGGTCAGATATCTGTCCCTATTGTTTTCAGAGGACCTAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGCGCTCAACACTCGCAGgtttgtgatcagggaatggcttatgaattagtttatcatcctaggaccccattgaactttgtaaaa-gttcattgtttccttttgttgtgttgttctaccc

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtcaccagcttttctctatatgatgc-ccgtggtgctgatctggatcataacataatga----
||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    | |   | |||| ||||   || |||   ||   |||   |  | | |||| || | ||      ||  |||         | ||    | |       
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgttt-ttgcacaaagtttcctct---acatgggtgctctgttgctgct-gttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G097226_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtc--accagcttttctctatatgatg-cccgtggtgctgatctggatcataacataatga
||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||        ||   ||  ||| || |  |    | || | ||||  |  | | |   ||||  |  |      |  |  | || |   |   | | |  |  
TGCCAAGTCAAATTATATGTCAGCTGGTCAGATATCTGTTCCTATTGTTTTTAGAGGACCAAACGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcagatggaattg-ctcatgtagttatgtaattatgtgtctgattatcatccttctacttcctaatttttcatctttatgttattgccatcctttt--

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G128121_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtc--accagcttttctctatatgatgcccgtggtgctgatctggatcataacataatga-
                                   | || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||        ||  |||  ||| || |  |    ||||   ||||  |  | | |   ||||  |  |     |  | |   | |  ||  ||     |    
-----------------------------------CTGTTCCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcagatggagttg-ctcatgtagttatgtacttacgtgtctgattaacatccttctacttcctattttt--ttccactttttatgttattgcgaccct

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT5G50850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtcacca-gcttttctctatatgatgcccgtggt------gctgatctggatcataacata--atga
|||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||   ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || || || |||||| || | |           |    |     ||| |  ||||| ||   || ||  |  | | ||  ||    |        |||||   |||  | | |||  ||||
TGCAAAGTCAAATTACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctca---------cccaaaaaaaattgaataatttgttactttgcattctttcaaaagagaccttcagctactaaactgataaagatattcatataggatga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351043256|gb|FQ443977.1|FQ443977
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351034261|gb|FQ448058.1|FQ448058
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351023552|gb|FQ432935.1|FQ432935
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCGGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349817767|gb|FQ407756.1|FQ407756
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTAATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCC
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTA-TGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCC
EST: gi|351014802|gb|FQ438002.1|FQ438002
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|77587570|gb|DV222950.1|DV222950
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351030938|gb|FQ438974.1|FQ438974
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGCTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTTCCCC
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGT-CCCC
EST: gi|77577175|gb|DV217284.1|DV217284
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|161721102|gb|FC070019.1|FC070019
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCC
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCC
EST: gi|110378632|gb|EC943772.1|EC943772
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349814730|gb|FQ409953.1|FQ409953
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCCGCCCTGGGTTGAAAATGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351029889|gb|FQ427729.1|FQ427729
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351027179|gb|FQ440047.1|FQ440047
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349817147|gb|FQ405152.1|FQ405152
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110365214|gb|EC927841.1|EC927841
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGGCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCC
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCC-
EST: gi|349828778|gb|FQ418513.1|FQ418513
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351017574|gb|FQ435927.1|FQ435927
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110685369|gb|EE062030.1|EE062030
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110365136|gb|EC928913.1|EC928913
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGNGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110711640|gb|EE088353.1|EE088353
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCANCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGNGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349832945|gb|FQ423067.1|FQ423067
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCNTC-TGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCC
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGC-TCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCC
EST: gi|349818046|gb|FQ408821.1|FQ408821
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349830010|gb|FQ420270.1|FQ420270
EST:     TAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCCA-CCTGGTATGGCTCCCGCCCTGGGTT
genomic: TAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGA-GTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGC-AGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTT
EST: gi|110713083|gb|EE088693.1|EE088693
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351015619|gb|FQ427104.1|FQ427104
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351028389|gb|FQ427285.1|FQ427285
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110719438|gb|EE094576.1|EE094576
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTTCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349826357|gb|FQ417854.1|FQ417854
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349815315|gb|FQ400470.1|FQ400470
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCTCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110711678|gb|EE088431.1|EE088431
EST:     TTAGAGGACCAATTGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|161715045|gb|FC064252.1|FC064252
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351027102|gb|FQ439963.1|FQ439963
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|351029935|gb|FQ427775.1|FQ427775
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|349812258|gb|FQ411853.1|FQ411853
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110398758|gb|EC965232.1|EC965232
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110718337|gb|EE095058.1|EE095058
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAACCTGGTATGGGCTCCTGCCCTGAGTTGAAAGTGCTGTTCCC
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGG-CTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCC
EST: gi|161716774|gb|FC067499.1|FC067499
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTG
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTG
EST: gi|110718877|gb|EE096214.1|EE096214
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
EST: gi|110702444|gb|EE081168.1|EE081168
EST:     TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCGGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAG                         TGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGAGTTGAAAGTGCTGTCCCCA
genomic: TTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccc ... tactatgcagTGTTATGCAGCCTGGTATGGCTCCTGCCCTGGGTTGAAAGTGCTGTCCCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtcaccagcttttctctatatgatgcccgtggtgctgatctggatcataacataatga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacataa