Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGAGATATTCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtcatatttttattgcttcatactttcaattccatttagcctctaggttcttgtagcagaatcatacatttttatcttggcctctttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0187g00340.t01
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0187g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA15G12100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CAAGAGATATTCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtcatatttttattgcttcata-ctttcaattcc------------atttagcctctaggttcttgtagcaga---atcatacatttttatcttggcct----ctttag------------------------------------------------------------------------
|  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||   |     ||| ||| ||| |||| || |||              |  || | | |  |  || || | |   | |||  ||  ||   |  |||     || |||                                                                        
CTCGAGATATTCAGGCATGGGAATATATTCCTCTTGGTCCTTTTCTTGGCAAGAGTTTTGgtaagatgtttcaaaca-attacttaatatcttttaagtcctaattgaaaaaagctgggcatttggacttgtgcagtatatccaacatggatgattgcatgtgccatttgctctagacagaaaccatcaccttttggtcattattttagagttaatcttcctttatggtgctaactataattatacag

upper sequence: Vv00s0187g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G01270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CAAGAGATATTCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtcatatttttattgcttcata-ctttcaattcc-----------atttagcctctaggttcttgtagcagaatca---tacatttttatcttggcctctt----tag--------------------------------------------------------------------------------
|  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||   |  |  ||| ||| ||| |||| || |||             |  || | | |  |  || || | |  ||   |  ||  ||   |   ||  ||    |||                                                                                
CTCGAGATATTCAGGCATGGGAATATATTCCTCTTGGTCCATTTCTTGGCAAGAGTTTTGgtaagatgtttcaaata-attacttaatatcttttaagtcctatggaaaaaagctgggcatttggacttgtgcagtatatccaacgtggatgattgcatgtaccatttgctctagatataaactatcactttacagttgttatttacttattttagagttaaccatcctttagggtgctaactaaaattatacag

upper sequence: Vv00s0187g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA12G15210.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CAAGAGATATTCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtcatatttttattgcttcatactttcaattccatttagcctctaggttcttgtagcagaatcatacatttttatcttggcctctttag
|  ||||||||||||||| || |||| |  ||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||   |  |   |   |   | |||| ||                                                            
CTCGAGATATTCAGGCATAGGGATATATTTCTCTTGGTCCATTTCTTGgtaagagttttggtaagatgtttcaaataattaattaatttcttttaag-----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv00s0187g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G12050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
CAAGAGATATTCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtcatatttttattgcttcatactttcaattccatttagcctctaggttcttgtagcagaa--tcatacatttttatcttggcctctt-tag
| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||  |  |   || | | |||  |  ||||| |||| | |||  |  ||  | | |    ||||  ||    | | || |||||   | || |||
CTAGGGATATTCAGGCGTGGGAGTATGTACCTCTTGGTCCTTTCCTGGGGAAGAGTTTTGgtgagatatt-tggcttcaatactt--tgatttcatttcc-tctagt-tgaagtatatgggcaaagaacttcggtgaatgttgtcttgttgtgttgtag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110690312|gb|EE067299.1|EE067299
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110398457|gb|EC964831.1|EC964831
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGC
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGC
EST: gi|351044107|gb|FQ452780.1|FQ452780
EST:     CAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GGACAACACTATCCCCTTGGA
genomic: CAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGG-CCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGA
EST: gi|161719983|gb|FC067725.1|FC067725
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|351041887|gb|FQ456097.1|FQ456097
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGA
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGA
EST: gi|110363209|gb|EC926783.1|EC926783
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110685821|gb|EE062874.1|EE062874
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCTTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTA-AACACTATCCCCTTGGAATGTGACCCTTGATGCTCT
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCT
EST: gi|110402111|gb|EC968746.1|EC968746
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110685834|gb|EE062901.1|EE062901
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGGAGAGTTTTG                         GTACA-CACTATCCCCTTGGATTG-GACCCTTGATGCTCTAAAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|352790319|gb|FQ481518.1|FQ481518
EST:     CAGGCATGGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GGACAACACTAT
genomic: CAGGCATGGG-AATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTAT
EST: gi|351042501|gb|FQ431099.1|FQ431099
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATT
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATT
EST: gi|351042415|gb|FQ442882.1|FQ442882
EST:     CAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTTCT-GGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: CAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTT-CTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110361741|gb|EC925237.1|EC925237
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|161721615|gb|FC070825.1|FC070825
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110359415|gb|EC920866.1|EC920866
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110685064|gb|EE063059.1|EE063059
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGGCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|352798557|gb|FQ480582.1|FQ480582
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTG
EST: gi|110364853|gb|EC928407.1|EC928407
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|110372453|gb|EC936619.1|EC936619
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|351037420|gb|FQ460619.1|FQ460619
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCC
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCC
EST: gi|110392090|gb|EC957263.1|EC957263
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|351054049|gb|FQ441815.1|FQ441815
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGA
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGA
EST: gi|352795676|gb|FQ480264.1|FQ480264
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCC
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCC
EST: gi|110733040|gb|EE108853.1|EE108853
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|351037729|gb|FQ464170.1|FQ464170
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GGTACA-CACTATCCCCCTGGATTGTGACC
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagG-TACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACC
EST: gi|110702040|gb|EE080300.1|EE080300
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTTG
EST: gi|351044448|gb|FQ442979.1|FQ442979
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTGGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATTCCCTTGGATTGTGACCCTTGA
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGTGACCCTTGA
EST: gi|110699293|gb|EE076166.1|EE076166
EST:     AGGCATGGGCATATGTGCCTTCT-GGGCCTTTTTCT-GGGAAAAGTTTTG                         GGACAA-ACCTATCCCCTTGGATTGGGACCCT
genomic: AGGCATGGGAATATGTGCCT-CTTGGGCCTTTT-CTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACAC-TATCCCCTTGGATTGTGACCCT
EST: gi|352794073|gb|FQ479315.1|FQ479315
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCC
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCC
EST: gi|352795679|gb|FQ480267.1|FQ480267
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCTTGGATTGT
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCCTTGGATTGT
EST: gi|110359320|gb|EC920619.1|EC920619
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCCCCTTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTT
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCCC-TTGGATTGTGACCCTTGATGCTCTAGAGCCCTTT
EST: gi|351038410|gb|FQ461102.1|FQ461102
EST:     TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTAACA-CACTATCCCCTTG
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTA-CAACACTATCCCCTTG
EST: gi|352793908|gb|FQ479150.1|FQ479150
EST:     TCAAGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTG                         GTACAACACTATCCC
genomic: TCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtc ... gcctctttagGTACAACACTATCCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGAGATATTCAGGCATGGGAATATGTGCCTCTTGGGCCTTTTCTTGGGAAGAGTTTTGgtaagaagtcatatttttattgcttcatactttcaattccatttagcctctaggttcttgtagcagaatcatacatttttatcttggcctctttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA