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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcag
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CCTGTAGGGGTTGTAGGTGCAATTACACCTTGGAACTTTCCCCTTGCTATGATTACTCGAAAGgtatctttagttttgaatctt--cactgtcctaaatttacccattttcactttaagtgtttttagg--agtcagg-gaata-acaatcattttaagaattatttgtttt-ctaatatatcag-------------------

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA15G41690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcagatctaggtttattgcattgtgactagacaatgggacataattttttgtaattctgtatcagtcttgtgagcagataatctggttggtggttgattgtcatgctcaaatgacatctttttacatttgtgtcag
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CCTGTAGGGGTTGTAGGTGCAATTACACCTTGGAACTTTCCCCTTGCTATGATTACTCGAAAGgtatctttagttttgaatctt--cactgttctaaatttacccattttcacttttt-taagtgtttttaggagtcggggaataacaatcattttaggagttatttgtttt-ctaatatatcag-------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825250|gb|FQ417971.1|FQ417971
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349827094|gb|FQ421367.1|FQ421367
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATATAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351031176|gb|FQ445003.1|FQ445003
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351022976|gb|FQ428885.1|FQ428885
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110720877|gb|EE097183.1|EE097183
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGC
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGC
EST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351026695|gb|FQ436348.1|FQ436348
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351012435|gb|FQ427036.1|FQ427036
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATGAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351023404|gb|FQ432787.1|FQ432787
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGTCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351022813|gb|FQ428722.1|FQ428722
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351012851|gb|FQ430414.1|FQ430414
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351024564|gb|FQ426373.1|FQ426373
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|77587321|gb|DV222801.1|DV222801
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349823645|gb|FQ415055.1|FQ415055
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351014822|gb|FQ438022.1|FQ438022
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349829516|gb|FQ420048.1|FQ420048
EST:     TGGTGCAATTACTCCTTTGGA-CTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TGGTGCAATTACTCCTT-GGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351019842|gb|FQ439659.1|FQ439659
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|30300500|gb|CB977294.1|CB977294
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351014217|gb|FQ434806.1|FQ434806
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|33405914|gb|CF211541.1|CF211541
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|33407740|gb|CF213367.1|CF213367
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110711777|gb|EE088642.1|EE088642
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACCGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110711744|gb|EE088569.1|EE088569
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|161718701|gb|FC066339.1|FC066339
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110717484|gb|EE093391.1|EE093391
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTC-ATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTT
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EST: gi|351033615|gb|FQ447774.1|FQ447774
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|71856998|gb|DT006053.1|DT006053
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|110685428|gb|EE062138.1|EE062138
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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EST: gi|351027861|gb|FQ448431.1|FQ448431
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTGTGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|351014497|gb|FQ437499.1|FQ437499
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACCTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTAGCTGCACAGTGGGTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|349824141|gb|FQ417528.1|FQ417528
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110703160|gb|EE079765.1|EE079765
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAA                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110711357|gb|EE087747.1|EE087747
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACCCGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCCCCGTGGGTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
EST: gi|110711773|gb|EE088638.1|EE088638
EST:     TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG                         GTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
genomic: TTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAGgtgtgtcaga ... tttgtgtcagGTTGGTCCTGCCCTTGCTTGTGGCTGCACAGTGGTTATAAAACCTTCTGAA
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