1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GTCATGGTAAATTCTGCTGAAAAGATCAGATTGGCTGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacccttgatttaagttcaaatgtctaatggcctaggcttttgggttgtgtttttttggtgttctaatataaaggtgttgacgcacatggagat...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0085g00720.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATTEST: gi|110708160|gb|EE085385.1|EE085385
genomic: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
EST: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGGACTATGTTTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATTEST: gi|110388217|gb|EC952948.1|EC952948
genomic: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
EST: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATTEST: gi|30252497|gb|CB970048.1|CB970048
genomic: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
EST: GGGAATGAAAATGTGATGGTTT-TCGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATTEST: gi|110360517|gb|EC923683.1|EC923683
genomic: GGGAATGAAAATGTGATGGTTTGT-GAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
EST: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATTEST: gi|30252416|gb|CB969967.1|CB969967
genomic: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
EST: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGANTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGEST: gi|30128204|gb|CB913543.1|CB913543
genomic: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGG
EST: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATA ATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
genomic: TGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacc ... gattttatagATGATCTGATTGTTGATCCACGCAACTTGGAGTGGATGAGGGAAGCTAATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCATGGTAAATTCTGCTGAAAAGATCAGATTGGCTGGGAATGAAAATGTGATGGTTTGTGAGAGGGGAACTATGTTTGGCTATAgtaagtcacccttgatttaagttcaaatgtctaatggcctaggcttttgggttgtgtttttttggtgttctaatataaaggtgttgacgcacatggagat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatataaa