1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GGATATTCCTTGTGAAAATTCACTGCTGAGACAAGTATCAAGTCTTTTACGGAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTTGATGgtaagagcattttatttctttttcagcaaatcatttctttcaccaacttgatagtttccttagaagacgttgaaaattaataggataagaaaatgccaga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0015g01950.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTTGATG GAATACAATGATACATTATTGATTAGTTACCTTGCCATGTTCACCAACTGCEST: gi|110363635|gb|EC927237.1|EC927237
genomic: GGAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTTGATGgtaagagcat ... ttttttgcagGAATACAATGATACATTATTGATTAGTTACCTTGCCATGTTCACCAACTGC
EST: GAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGANNNNNNNGATG GAATACAATGATACATTATTGATTAGTTACCTTGCCATGTTCACCAACTGEST: gi|110428349|gb|EC994818.1|EC994818
genomic: GAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTT-GATGgtaagagcat ... ttttttgcagGAATACAATGATACATTATTGATTAGTTACCTTGCCATGTTCACCAACTG
EST: GGAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTTGATG GAATACAATGATACATTATTGATTAGTTACCTTGCCATGTTCACCAACTGC
genomic: GGAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTTGATGgtaagagcat ... ttttttgcagGAATACAATGATACATTATTGATTAGTTACCTTGCCATGTTCACCAACTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGATATTCCTTGTGAAAATTCACTGCTGAGACAAGTATCAAGTCTTTTACGGAGATTGCCAGCCATTGAATCAGGGAAGTTTCAAGATGATTTTTTGATGgtaagagcattttatttctttttcagcaaatcatttctttcaccaacttgatagtttccttagaagacgttgaaaattaataggataagaaaatgccaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tagaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatagga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaa