1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
AATGAGTGGTTAATTCAAAGATTGGAAGCACTTAGTGCCATGGTCCTCTCCTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgcatttaggttatatttggttcttgaaaatgtgagggaaaaaaagtaaaaaaatatttaaagtcaataattattttaatatgttacttcaaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0050g02480.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|294964669|gb|GW838472.1|GW838472
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|10283302|gb|BE846425.1|BE846425
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGGEST: gi|110726701|gb|EE102715.1|EE102715
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: CTCGTCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|32268391|gb|CD717550.1|CD717550
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|30323099|gb|CD006361.1|CD006361
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|37184105|gb|CF603459.1|CF603459
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: CTCGTCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|32249769|gb|CD715588.1|CD715588
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|161706059|gb|FC057138.1|FC057138
genomic: GCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: CTCGTCAGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGGEST: gi|30300354|gb|CB977148.1|CB977148
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
EST: CTCGTCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTG GATTTATCGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACATGTCCCTGG
genomic: CTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgc ... gttattgcagGATTTATTGGAATGGCAATGTCTTATGGTCTCTCATTAAACGTGTCCCTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGAGTGGTTAATTCAAAGATTGGAAGCACTTAGTGCCATGGTCCTCTCCTCATCGGCTCTCTGCATGATTTTGCTTCCTCCTGGTACTTTTACCGCTGgtgagtatgcatttaggttatatttggttcttgaaaatgtgagggaaaaaaagtaaaaaaatatttaaagtcaataattattttaatatgttacttcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagtcaa