1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
AAAAACTTCCAATGGCATCTGGGTCCCTTGTGGCCCTACTCAACGCGGAGCTGTTCAGGTTACTTTGCAGGAACTTGAAGCACAAGGCCTTGCTTCAAAGgtatggattggtggaaaactgaaactacattcacctcatgttgggttattggaaaattggaaattttgagggaaaatgcagagaaaatgaaatatagaga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0106g00490.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGTTCAGGTTACTTTGCAGGAACTTGAAGCACAAGGCCTTGCTTCAAAG ATCCTCCCTCCGCCCATCTCAAGGACTGATTTTGAAAAAGTACTAGCAAGAEST: gi|110685200|gb|EE063347.1|EE063347
genomic: CTGTTCAGGTTACTTTGCAGGAACTTGAAGCACAAGGCCTTGCTTCAAAGgtatggattg ... gacttggcagATCCTCCCTCCGCCCATCTCAAGGACTGATTTTGAAAAAGTACTAGCAAGA
EST: CTGTTCAGGTTACTTTGCAGGAACTTGAAGCACAAGGCCTTGCTTCAAAG ATCCTCCCTCCGCCCATCTCAAGGACTGATTTTGAAAAAGTACTAGCAAGA
genomic: CTGTTCAGGTTACTTTGCAGGAACTTGAAGCACAAGGCCTTGCTTCAAAGgtatggattg ... gacttggcagATCCTCCCTCCGCCCATCTCAAGGACTGATTTTGAAAAAGTACTAGCAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAAAACTTCCAATGGCATCTGGGTCCCTTGTGGCCCTACTCAACGCGGAGCTGTTCAGGTTACTTTGCAGGAACTTGAAGCACAAGGCCTTGCTTCAAAGgtatggattggtggaaaactgaaactacattcacctcatgttgggttattggaaaattggaaattttgagggaaaatgcagagaaaatgaaatatagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttggaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagaaaa