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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAAGTTGCAGGAAACTTTCATTTTTCACCTGGGAAAGGCTTTTACCAGTCAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgtagttttggtttttatttcattttactttacattctatatttaattccatctcttcaatattaatctgttttttcatttttaaatttttagtgtcatcttgtttttaacttcatggcacatgatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0178g00020.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349830254|gb|FQ420514.1|FQ420514
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAACTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|351017588|gb|FQ435941.1|FQ435941
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAAGATGGGTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAAT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAAT
EST: gi|351032592|gb|FQ458957.1|FQ458957
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCT
EST: gi|351032954|gb|FQ461843.1|FQ461843
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAGT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGT
EST: gi|110357757|gb|EC921480.1|EC921480
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|161708936|gb|FC060479.1|FC060479
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGA
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGA
EST: gi|351051772|gb|FQ455186.1|FQ455186
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGAC-ATTTCCCTG
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTG
EST: gi|351038305|gb|FQ460997.1|FQ460997
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCTTTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|351036806|gb|FQ457519.1|FQ457519
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|351044765|gb|FQ449019.1|FQ449019
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAACTTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTTG
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTT-GGAGACCATTTCCCTGGT-G
EST: gi|351025136|gb|FQ433553.1|FQ433553
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGGTATTAT                         ATAAGTCACAGGATCAAT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAAT
EST: gi|110711767|gb|EE088624.1|EE088624
EST:     AAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTTCGAAG-ATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGG
genomic: AAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTT-CGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGG
EST: gi|351053700|gb|FQ440210.1|FQ440210
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAGT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|351015973|gb|FQ431928.1|FQ431928
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATAAGCTTTTGG
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGG
EST: gi|351053378|gb|FQ455714.1|FQ455714
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATC
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATC
EST: gi|351013633|gb|FQ429774.1|FQ429774
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTTGGTGT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCT-GGTGT
EST: gi|351013590|gb|FQ429731.1|FQ429731
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTTGAGACCATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|351034302|gb|FQ448099.1|FQ448099
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAAGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAACCTTTGGAGACCATTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTT
EST: gi|351016879|gb|FQ424306.1|FQ424306
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATT
EST: gi|352789786|gb|FQ478601.1|FQ478601
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAAT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAAT
EST: gi|110359140|gb|EC920148.1|EC920148
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT
EST: gi|351029738|gb|FQ427578.1|FQ427578
EST:     CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAANGATGGTTATAAT                         ATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGAACATTTCCCTGGTGTT
genomic: CAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgta ... catgatgcagATAAGTCACAGGATCAATAAATTAGCTTTTGGAGACCATTTCCCTGGTGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TAAAGTTGCAGGAAACTTTCATTTTTCACCTGGGAAAGGCTTTTACCAGTCAAATATTCATGTGAATGATTTGCTGGCTATTTCGAAGGATGGTTATAATgtaagacgtagttttggtttttatttcattttactttacattctatatttaattccatctcttcaatattaatctgttttttcatttttaaatttttagtgtcatcttgtttttaacttcatggcacatgatgcag

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