Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccctcttgaaaccattgtgtgctttataaaccaaaaagtaggaaattggaggaaagaaggaaaagcctagatttagagacctttttttaatggtataagcacataattagtatgattattatgtcagtttgacacaagcataccacctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g01210.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794761|gb|FQ475259.1|FQ475259
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|30300182|gb|CB976976.1|CB976976
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACTACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|27579600|gb|CB002295.1|CB002295
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|30251118|gb|CB968851.1|CB968851
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110718432|gb|EE095257.1|EE095257
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|34549541|gb|CF517773.1|CF517773
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|33402264|gb|CF207891.1|CF207891
EST:     TGGCAGTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TGGCAGTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|161719906|gb|FC066714.1|FC066714
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110701137|gb|EE078403.1|EE078403
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110724332|gb|EE100065.1|EE100065
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|27583889|gb|CB006584.1|CB006584
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|34542385|gb|CF510617.1|CF510617
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110387693|gb|EC952381.1|EC952381
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|46918171|gb|CN547500.1|CN547500
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110724931|gb|EE101189.1|EE101189
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|26265277|gb|CA816340.1|CA816340
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|30253215|gb|CB970766.1|CB970766
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110723066|gb|EE099952.1|EE099952
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|27585499|gb|CB008194.1|CB008194
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|71865136|gb|DT014191.1|DT014191
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|30299773|gb|CB976567.1|CB976567
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|30300771|gb|CB977565.1|CB977565
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
EST: gi|110684973|gb|EE062864.1|EE062864
EST:     TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG                         GGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT
genomic: TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTGgtgagacccc ... accacctcagGGTACTGTGCCGGAGGTTGTGCAGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCTTTGT