Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttgttttgttatatttcgcaatctgatgggacttgtgttttggtttatttctcaatatgatgggactcttgccacctaatcagtgccccacat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g01780.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29784297|gb|CB344831.2|CB344831
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTGCTGGTGGATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|349823556|gb|FQ414966.1|FQ414966
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|32271352|gb|CD720511.1|CD720511
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|110375956|gb|EC940987.1|EC940987
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|110386695|gb|EC951311.1|EC951311
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|110411796|gb|EC977519.1|EC977519
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|111125066|gb|EE253677.1|EE253677
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTGTGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|351024111|gb|FQ423534.1|FQ423534
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|349823504|gb|FQ414914.1|FQ414914
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|110372559|gb|EC936737.1|EC936737
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|32248427|gb|CD714246.1|CD714246
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCT
EST: gi|110387079|gb|EC951719.1|EC951719
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|351015119|gb|FQ444408.1|FQ444408
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|29784413|gb|CB345109.2|CB345109
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|32268834|gb|CD717993.1|CD717993
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGC
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGC
EST: gi|110385943|gb|EC950505.1|EC950505
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|110413183|gb|EC978960.1|EC978960
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|29784391|gb|CB345050.2|CB345050
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTGATTGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGTAAACTGCATATCGCCCTGGATTACTGGTNAATCTTGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|32269676|gb|CD718835.1|CD718835
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGT
EST: gi|110372429|gb|EC936593.1|EC936593
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
EST: gi|110383897|gb|EC948302.1|EC948302
EST:     GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTA
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTA
EST: gi|29785638|gb|CB342854.2|CB342854
EST:     GTGGACATAGCGACCCATATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAG                         CTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT
genomic: GTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttg ... cttgttgcagCTTGCTTTATGTGGAAACTGCAGATCGCCCTGGATTACTGGTGGATCTCGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGACCGAAGgtaatgcttgttttgttatatttcgcaatctgatgggacttgtgttttggtttatttctcaatatgatgggactcttgccacctaatcagtgccccacat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccccac