1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
AGGTTTGCAGATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatattgtcttattttgactttctcctttatgcatttgatatgacaataattctcatattaatctctttactgtaaagaaattctcatgatcatt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g05250.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACGTGTGTAGAGGGTGATCACATEST: gi|349816605|gb|FQ399594.1|FQ399594
genomic: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
EST: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACGTGTGTAGAGGGTGATCACATEST: gi|110410711|gb|EC976403.1|EC976403
genomic: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
EST: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACGTGTGTAGAGGGTGATCACATEST: gi|110378361|gb|EC943489.1|EC943489
genomic: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
EST: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACGTGTGTAGAGGGTGATCACATEST: gi|22011786|gb|BQ796820.1|BQ796820
genomic: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
EST: TGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACGTGTGTAGAGGGTGATCACATEST: gi|110693324|gb|EE069456.1|EE069456
genomic: TGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
EST: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACATEST: gi|110394684|gb|EC959919.1|EC959919
genomic: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
EST: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGA GTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACGTGTGTAGAGGGTGATCACAT
genomic: GATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatat ... ggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGTTTGCAGATCTCTGCAGAAATGCTGGATCTTGGCTTGTTGTAGATAATACATATGAgtaagtatattgtcttattttgactttctcctttatgcatttgatatgacaataattctcatattaatctctttactgtaaagaaattctcatgatcatt
- - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaaa