Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAATGCACTTTCAACCTTGAGATAATTGGAGTAAAGAAAAATCCTAATGGCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttcttcttttgactcttatatgatgtgataaattgatgacaaatttactactccaatgtgatggtctctttattgctgatgctcctgttaatggtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0105g00280.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0105g00280.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g47580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CAAATGCACTTTCAACCTTGAGATAATTGGAGTAAAGAAAAATCCTAATGGCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttcttcttttgactcttatatgatgtgataaattgatgacaaatttactactccaatgtgatggtctctttattgctgatgctcctgttaatggtag-
 ||||| |||||||||||||| ||||||   || |||||||| || ||||| ||||||||  || | ||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||| | |      || || || | ||||||    | ||| | ||  ||  ||||       | | | |  |    |       |  || |  ||  ||   ||| 
GAAATGTACTTTCAACCTTGACATAATTTCTGTGAAGAAAAACCCAAATGGTCAAATGTACTCTACTCTTGGTGTTTTGACAAGGGGAACTATCATTGAGgta-tgtcaagaattctgcctgt-atatgaaaaca-aaagtaatctca--tttaagttgttagtattacagctgatagtgaattattgataatgaaaactttagc

upper sequence: Vv08s0105g00280.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G009876_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CAAATGCACTTTCAACCTTGAGATAATTGGAGTAAAGAAAAATCCTAATGGCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaa--tatttcttcttttgac-tcttatatgatgtgataaattgatgac----aaatttactactccaatgtgatggtctctt-----tat-tgctgatgctcct-gttaatggtag---------------------
 || ||||||||||||||||| ||||||   || |||||||| || ||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| | ||| || ||||||||||||    |    || ||||  | | |||| |  |    |   | | ||||    || | || || |     || ||||| |  |     ||| |  |  | | ||| |  ||| |  |                     
GAAGTGCACTTTCAACCTTGACATAATTTCTGTGAAGAAAAACCCAAATGGTCCAATGTACACTTCTCTTGGTGTTATGACAAGGGGAACGATCATTGAGgtatgccaagcatttttttaccattttatgtagtaccctgtgtagctgactagtaactatattagtttttcgtcatggtttactgggattatctctttgtacccctcgaaaattgctgcttacaatggtcttctttcag

upper sequence: Vv08s0105g00280.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G174204_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CAAATGCACTTTCAACCTTGAGATAATTGGAGTAAAGAAAAATCCTAATGGCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaat---atttcttcttttgactcttata----------tgatgtgataaattgatgacaaatttactac--tccaatgtgatggtctctttattgctgatgctcctgttaatggtag--------------------------------
 || ||||||||||||||||| ||||||   || |||||||| || ||||| |  ||||| ||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||||||| |   |    || |      | || ||          |  |||  | | |  || |     |  | |   | || || |||   ||||||||  |     ||||  |      ||                                 
GAAGTGCACTTTCAACCTTGACATAATTTCTGTGAAGAAAAACCCAAATGGTCCGATGTACACTTCTCTTGGTGTTATGACAAGGGGAACAATCATTGAGgtactccaagcatttttaccagttattgtagtcaatacttttgtgtagtgactgtattaggtgctagccatggttcactgagattacctctttatatcaccccctcccctcccctctatcgaaattgctgctcacaatagtattctttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351034903|gb|FQ458260.1|FQ458260
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCCGGCAGGGAAAGTTGTATG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAG-CAGGGAAAGTTGTATG
EST: gi|110388463|gb|EC953218.1|EC953218
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351034907|gb|FQ458264.1|FQ458264
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCGGCCGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110689931|gb|EE066589.1|EE066589
EST:     GCCCAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCCTGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|71886734|gb|DT035789.1|DT035789
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351012282|gb|FQ429967.1|FQ429967
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351053282|gb|FQ459150.1|FQ459150
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGCCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110691373|gb|EE069403.1|EE069403
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351025564|gb|FQ426380.1|FQ426380
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110686904|gb|EE063847.1|EE063847
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GGTAA-TGTGAGTGAACTANGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagG-TAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATG
EST: gi|351035636|gb|FQ463481.1|FQ463481
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|349827505|gb|FQ422373.1|FQ422373
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351056948|gb|FQ443575.1|FQ443575
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCCGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351032431|gb|FQ458796.1|FQ458796
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACCTAG-TTTGGTCACACCAGCTGGGAAAATTGTATG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAAC-TAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATG
EST: gi|351049548|gb|FQ429170.1|FQ429170
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|349830525|gb|FQ416835.1|FQ416835
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|77588634|gb|DV223535.1|DV223535
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAG
EST: gi|351049014|gb|FQ431558.1|FQ431558
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351056833|gb|FQ443460.1|FQ443460
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110701282|gb|EE078674.1|EE078674
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG