Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgctttacttttctatatgttcttttttcaggcataaattgcatacatttccagattggtaagttgtcaaactcacttaatagacatttcatgt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0056g00200.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os05g40420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgctttacttttctatatgttcttttttcaggcataaattgcatacatttccagattggt--aagttgtcaaactcacttaatagacatttcatgt---
|| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||  |       |       |||  ||||| | ||   | || | || ||     |    |    |  || ||| | |       |  |     |||  ||    
GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTGAGGCCACAGTGGTTGCTTGCAAAGCTGCTGATGAGGCTGTCAAGgtgagaacgaagatgagaagatagtttcttctgtctttc-tatactgaatttgaatttgaaccactcaaatttgacgagaatggctgttccttcttttgtgatag

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgctttacttttctatatgttcttttt-tcaggcataaattgcatacatttccagattggtaagttgtcaaactcacttaatagacatttcatgt
|| ||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||  | || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |       |       |||| | |      | |    |  |   | |    | ||  | ||||||    ||   |||    || ||           
GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTGAAGCCACGGTAGTTGCTTGCAAGGCAGCTGACGAAGCCGTTAAGgtgagcacaaacaagacaaaatatatgcagacagttatttctgcaagtcgtcatgtaccgtaatggtaatccctccc-ctcctggaacag-----------

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgt----------atggtgctttacttttctatatgttctt----ttttcaggcat--aaattgcatacatttccagattggtaagttgtca-aactcacttaatagacattt-catgt--------------------------
|| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||          ||     ||  |||   | | |||| |     || |   ||||   || | |||||||    | |  | | | ||     | | ||||| |||| | ||| ||| |                          
GTACGTGTCAACCTGCCAAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGGGATATTGAGGCTACCGTTGTTGCTTGCAAGGCAGCTGATGAAGCTGTTAAGgtgagagcatcaataaaagttcgcttacatgtgtgttgtcaccattattctgcattggaagttcatacatcaataaaa-gttcacttacagtagcacacttgataggcttttgcatatgtttaactagatgttcttctgaacag

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgt----------atggtgctttacttttctatatgttcttttttcaggcataaattgcatacatttccagattggtaa--gttgtca----aactcacttaatagacattt-catgt---------------------------
|| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||          |||    ||  ||    | | |||| | || | |     |       | |  ||  | ||   |||  ||| | |    | | | ||| |||| | ||| | | |                           
GTACGTGTCAACCTGCCAAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTGAGGCCACCGTAGTTGCTTGCAAGGCAGCTGATGAAGCTGTTAAGgtgagagcaccaatgaaagttcgctgacatgtgtgttgtcttattatctgcattggaagttcgcttatacatcaataaaggttcttacagtagcacgcttcataggcctttgcctattttttaaccaagtgttcttctgaacag

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgctttacttttctatatgtt-----cttttttcaggcataaattgcatacatttccagattggtaagttgtcaaactcacttaatagacatttcatgt--
|| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||  |||| | |||   || ||||      ||| || |   | |  |||  || |||      ||  |||| | | |     | ||  | |  |||   | |  
GTACGCGTCAACCTTCCAAATGGTGACATGGTGGGGCATACAGGTGACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagcttaattttcaaatttgttggagcatttctttaaataaagtttgt-tatattc-----tttttaagctct-agctgaattttttgggaattctttattt

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgctttacttttctatatgttcttttttcaggcataaattgcatacatttccag-attggtaagttgtcaaactcacttaatagacatttcatgt
|| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||  | |||||||||   ||||| | |||||| |         ||| |||  ||  |      || ||   | | |  | ||   || |    | | |     |  |    |        || ||   
GTGCGTGTAAACCTGCCAAATGGAGATATGGTGGGGCATACTGGTGATATTGAAGCAACTGTTGTTGCCTGTGAAGCTGCTGATCGTGCTGTGAGGgtatgat---------ttcaataaatttgtgacatgggaatgt-tagaaaccgttcttagtagcaatgactcacttagttttggtgtcctggtttgcag--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33406503|gb|CF212130.1|CF212130
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30251274|gb|CB969007.1|CB969007
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110386858|gb|EC951490.1|EC951490
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|71881475|gb|DT030530.1|DT030530
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110361200|gb|EC924656.1|EC924656
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|77583526|gb|DV220799.1|DV220799
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|29781711|gb|CB346373.2|CB346373
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110687320|gb|EE064627.1|EE064627
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30252044|gb|CB968683.1|CB968683
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110424833|gb|EC991206.1|EC991206
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110366484|gb|EC930392.1|EC930392
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30301264|gb|CB978058.1|CB978058
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110725047|gb|EE101410.1|EE101410
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110719729|gb|EE095112.1|EE095112
EST:     TTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGGAGGACACCAAGGCCAGTGACCAGTACATACCTCCTTTTGTTATTGTTGATGAGAATGGGAAACCTG
genomic: TTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGGAGGACACCAAGGCCAGTGACCAGTACATACCTCCTTTTGTTATTGTTGATGAGAATGGGAAGCCTG
EST: gi|33406588|gb|CF212215.1|CF212215
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30131098|gb|CB916437.1|CB916437
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|33403660|gb|CF209287.1|CF209287
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|28962723|gb|CB341756.1|CB341756
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|161712531|gb|FC061836.1|FC061836
EST:     GTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGGAGGACACCAAGGCCAGTGACCAGTACATACCTCCTTTTGTTATTGTTGATGAGAATGGGAAGCCTG
genomic: GTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGGAGGACACCAAGGCCAGTGACCAGTACATACCTCCTTTTGTTATTGTTGATGAGAATGGGAAGCCTG
EST: gi|71888286|gb|DT037341.1|DT037341
EST:     TTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCGGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: TTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30301394|gb|CB978188.1|CB978188
EST:     AATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: AATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110724634|gb|EE100633.1|EE100633
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|161721567|gb|FC070103.1|FC070103
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAAAGCAAGTGGGTGGA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGA
EST: gi|110690736|gb|EE068154.1|EE068154
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCATTAAAGCAAGTGGGTGGGATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|33403584|gb|CF209211.1|CF209211
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30305831|gb|CB982625.1|CB982625
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|33409439|gb|CF215066.1|CF215066
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110361556|gb|EC925038.1|EC925038
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110716747|gb|EE091997.1|EE091997
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110709676|gb|EE085346.1|EE085346
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|29783243|gb|CB349288.2|CB349288
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|29783288|gb|CB349373.2|CB349373
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30301324|gb|CB978118.1|CB978118
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATTATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30251262|gb|CB968995.1|CB968995
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30251347|gb|CB969080.1|CB969080
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30252132|gb|CB968771.1|CB968771
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110717711|gb|EE093807.1|EE093807
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|110391170|gb|EC956127.1|EC956127
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
EST: gi|30251358|gb|CB969091.1|CB969091
EST:     ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAG                         ATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA
genomic: ATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgct ... atgattgcagATCATCCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATATATGTTGTCACTGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATTGAGGCTACAATTGTAGCTTGCAAGGCTGCTGATGAAGCTGTCAAGgtatggtgctttacttttctatatgttcttttttcaggcataaattgcatacatttccagattggtaagttgtcaaactcacttaatagacatttcatgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatagaca