1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTAGTATCTCCATCAAAAGTAACATATGTGGGTAAAGAACTTTATGATATGGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTGgtaatgtctaaaactgccttttgttttttctatttgtcaaatggtggttaggttccttgtgtgataaataagaaataatatgtcaatttttgcattgtaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0040g01170.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTG GTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGATGTTATTGATGTTGTTCCTATTGATAEST: gi|161706899|gb|FC056793.1|FC056793
genomic: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTGgtaatgtcta ... ctatgtctagGTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGATGTTATTGATGTTGTTCCTATTGATA
EST: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTG GTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGEST: gi|110402734|gb|EC960886.1|EC960886
genomic: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTGgtaatgtcta ... ctatgtctagGTACTGTCATTCCAATGCTTGAAG
EST: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTG GTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGATGTTATTGATGTTGTTCCTATTGATAEST: gi|37184311|gb|CF603665.1|CF603665
genomic: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTGgtaatgtcta ... ctatgtctagGTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGATGTTATTGATGTTGTTCCTATTGATA
EST: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTG GTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGATGTTATTGATGTTGTTCCTATTGATA
genomic: GGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTGgtaatgtcta ... ctatgtctagGTACTGTCATTCCAATGCTTGAAGATGTTATTGATGTTGTTCCTATTGATA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTAGTATCTCCATCAAAAGTAACATATGTGGGTAAAGAACTTTATGATATGGGTTGCTATGAAATTTCCCTTGGCGATACTATTGGTGTTGGTACTCCTGgtaatgtctaaaactgccttttgttttttctatttgtcaaatggtggttaggttccttgtgtgataaataagaaataatatgtcaatttttgcattgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataa