Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtcaactctgtatgccaatctgtggaaagtggattttggaaagtttattgttttttgtattctgactcattctattgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g03250.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30253288|gb|CB970839.1|CB970839
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|349822639|gb|FQ412903.1|FQ412903
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGCAGGTTTTGC
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGC
EST: gi|27755146|gb|CB035901.1|CB035901
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|30253209|gb|CB970760.1|CB970760
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|351019188|gb|FQ429348.1|FQ429348
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACCGCAGGTTTTGCCATGATTGGTCGCAT
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCAT
EST: gi|110370952|gb|EC934597.1|EC934597
EST:     GTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|110413628|gb|EC979423.1|EC979423
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|110423056|gb|EC989391.1|EC989391
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGCAGGTTTTGCCATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|28959489|gb|CB339745.1|CB339745
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGG-AAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtcaactctgtatgccaatctgtggaaagtggattttggaaagtttattgttttttgtattctgactcattctattgtag

- GATGGA