Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTAACTGCAAAGACGAAAACCTTCTTTTCCATGGCAGTTGCTCAATGGGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttctagatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g03090.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g03090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os09g27950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GAGTTAACTGCAAAGACGAAAACCTTCTTTTCCATGGCAGTTGCTCAATGGGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttctagatagcgattaga-gatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaag
||| || |||||||||| || |  ||||||||||  || || ||   ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | |||  |    |  | ||  ||     ||  | |   |     ||||  ||   ||  ||||   ||||| |   |  ||                                                                                                   
GAGCTATCTGCAAAGACCAAGATATTCTTTTCCACTGCTGTGGCATTATGGGATGCTGATTTCTATGTCAAGGTGGATGATGATGTTCATGTCAACCTTGgtaag----ctttattatttagcctttgaccttgatgagagatttgttattcagtaattaactgatgggagtgatgcag--------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv07s0031g03090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g35870.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GAGTTAACTGCAAAGACGAAAACCTTCTTTTCCATGGCAGTTGCTCAATGGGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttcttt---attttctagatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaag
||  |  | || ||||| || |  ||||| || |  ||||||| |   |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||      | ||| |    |      |  | || | |   | | | ||   | | | |  |  ||  |||    ||                                                                                                   
GAACTCTCAGCTAAGACAAAGATTTTCTTCTCTACAGCAGTTGGTATTTGGGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatattttttttttcacgtgccgattggccttatgttgaaatctataataacccacttcatgtgacaacataacag--------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv07s0031g03090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G013079_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GAGTTAACTGCAAAGACGAAAACCTTCTTTTCCATGGCAGTTGCTCAATGGGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttctagatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaag
||  |  | || ||||| ||||  ||||| || |  ||  |||     |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||   ||   | |  |||       || |  | | |  |  ||||      |    | | | |   | |  |  ||||                                                                                                  
GAACTCTCAGCTAAGACAAAAATATTCTTCTCTACTGCTCTTGGCATCTGGGATGCTGACTTCTACGTCAAGGTTGATGATGATGTGCATGTAAACTTAGgtgcttgtctcttccttagacacaattttacttcctcttgaatttcagttttgtttactggtgcatgcatatgaccaaacag----------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv07s0031g03090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT1G77810.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GAGTTAACTGCAAAGACGAAAACCTTCTTTTCCATGGCAGTTGCTCAATGGGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttcta--gatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaag
||  |  | ||||| || || |  ||||||||||  ||||| ||  |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||| | |||  |    || || || |   ||||| | ||    ||  | |  |  |  |  ||| || | | |   |  ||  |                                                                                                     
GAACTCTCAGCAAAAACCAAGATATTCTTTTCCACTGCAGTAGCCAAATGGGATGCAGAGTTCTATATCAAGGTAGATGATGATGTTCACGTCAATCTCGgtaagaaaacc-tgcttctcgattcttttgtttgcatcaatctccttcaatgggagcaatgaaaaactttgtctttcag---------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv07s0031g03090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT1G22015.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GAGTTAACTGCAAAGACGAAAACCTTCTTTTCCATGGCAGTTGCTCAATGGGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgt-ctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttctagatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaag
 |  || ||||||| || |||| |||||| || |  ||||||||  | |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||| | ||| |     |   | | ||   |        ||    | ||| ||   |  |     |||   ||   ||  |   ||  | |  | |  | |  ||                                                                                
AATCTATCTGCAAAAACCAAAAGCTTCTTCTCTAGTGCAGTTGCAAAGTGGGATGCTGAGTTTTATGTCAAGATTGATGATGATGTTCACGTCAATCTTGgtaccaaaatatgtttctagcataaaaaaaattataatattttttccttgaactaaaattgttgaatatatttgctcacctct--ttgctttttcag--------------------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32248254|gb|CD714073.1|CD714073
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|110720016|gb|EE095627.1|EE095627
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTGAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30125799|gb|CB911138.1|CB911138
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32267576|gb|CD716539.1|CD716539
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30133769|gb|CB919108.1|CB919108
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|351036166|gb|FQ464011.1|FQ464011
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGCTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|71855285|gb|DT004340.1|DT004340
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTGAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAG
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAG
EST: gi|110719628|gb|EE094920.1|EE094920
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCANAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30326867|gb|CD010129.1|CD010129
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30135395|gb|CB920733.1|CB920733
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|110413181|gb|EC978958.1|EC978958
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32271216|gb|CD720375.1|CD720375
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|161716956|gb|FC068141.1|FC068141
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTGAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|110361463|gb|EC924936.1|EC924936
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30127312|gb|CB912651.1|CB912651
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|351044383|gb|FQ452935.1|FQ452935
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32248260|gb|CD714079.1|CD714079
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32268821|gb|CD717980.1|CD717980
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|351045775|gb|FQ440960.1|FQ440960
EST:     GATGCCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCCCCACTTGCCCGCCATCGTTC
genomic: GATGCC-GAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTC