Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGAGACATTGCAGAAACTGTCTTTAACGCACCATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaatggaaataatggtagcaaatctcttgtattttctgtttgtatggttggatttgcagtgcacatgttagtcgtgcaaactaacactgcttctggtgaatcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g01600.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18458639|gb|BM436917.1|BM436917
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTG                         GAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
EST: gi|55778155|gb|AJ862939.1|AJ862939
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGGGTATAAACTG                         GAAATACATGGCAAACGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCT
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCT
EST: gi|71854625|gb|DT003680.1|DT003680
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTG                         GAAATACATGGCAAACGGAATTAG
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGCAAAAGGAATTAG
EST: gi|30131700|gb|CB917039.1|CB917039
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTG                         GAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
EST: gi|110713219|gb|EE088948.1|EE088948
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTG                         GAAATACATGGCAAAAGGAATCAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
EST: gi|349832444|gb|FQ421005.1|FQ421005
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTG                         GAAATACATGGCAAAAGGAAATAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGCAAAAGGAATTAGTGTCTGGTTAGATGTACCTTTGGAAGC
EST: gi|161718354|gb|FC065013.1|FC065013
EST:     CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTG                         GAAATACATGGC
genomic: CATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaat ... ggtgaatcagGAAATACATGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGAGACATTGCAGAAACTGTCTTTAACGCACCATATGGTTGTTTCCACTGGTGGAGGTGCTGTTATTCGGCCTATCAACTGgtatgacaatggaaataatggtagcaaatctcttgtattttctgtttgtatggttggatttgcagtgcacatgttagtcgtgcaaactaacactgcttctggtgaatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT