Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaacattggattttactcttccttttctttctgggatcatttccatttttcttatcatccgctagctaggaagattaccttgtgcttgctttg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g00750.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA11G19840.2 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgta----ggcaaaacat-tggattttactcttccttttctttctgggatcatttccatttttcttatcatccgctagctaggaagattaccttgtgcttgctttg
||||||||||||| ||  | || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||       |||| || |  |||  |    | || ||||||      |||  |     |   ||   |   | | | ||    | ||||  | ||| |      
GTGGGCATGAACTCAGTTTGACAACTGGAAATGCTGGTGGAAGATTAGCATGTGgtaccaaaaaaaaaaatataaattcgatcagttctattcttttcatattcacctattcatccattccaacatgat-gttatttggtttactctttgcctca----

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA11G19840.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgt----aggcaaaacat-tggattttactcttccttttctttctgggatcatttccatttttcttatcatccgctagctaggaagattaccttgtgcttgctttg
||||||||||||| ||  | || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||    |   |||| || |  |||  |    | || ||||||      |||  |     |   ||   |   | | | ||    | ||||  | |||        
GTGGGCATGAACTCAGTTTGACAACTGGAAATGCTGGTGGAAGATTAGCATgtggtaccaaaaaaaaaaatataaattcgatcagttctattcttttcatattcacctattcatccattccaacatgat-gttatttggtttactctttgcc-------

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT2G28190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggca-aaacattggatt----ttactcttccttttctttctgggatcatttccatttttcttatcatccgctagctaggaagattaccttgtgcttgctttg-------------------------------------------------------
|||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||||||||||||| |   |||| ||  ||     | |||    ||    ||  |   | |      | || |  | |||| ||      |   |  | |   |    ||   | |                                                       
GTGGCCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGAAACGCAGGCGGGAGATTGGCATGTGgtatgtttaaactttctatcactatgacttaggctgcgattgtttcaaacgccaaaaattgtggtttcattcgaagaaaacacacttgattataacgtttaatcgcaaattcggaccatctgtttcggtatcctcacgagttatgttggttctttcgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110697650|gb|EE074825.1|EE074825
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351016352|gb|FQ446212.1|FQ446212
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCACGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110721101|gb|EE097715.1|EE097715
EST:     CCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110697481|gb|EE074509.1|EE074509
EST:     CATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTNG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAA
genomic: CATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGT-Ggtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAG
EST: gi|351023497|gb|FQ432880.1|FQ432880
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTACAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351037532|gb|FQ462515.1|FQ462515
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351025594|gb|FQ426608.1|FQ426608
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351013137|gb|FQ424842.1|FQ424842
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351053311|gb|FQ459179.1|FQ459179
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|30253431|gb|CB970982.1|CB970982
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349827666|gb|FQ422534.1|FQ422534
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTTGTTGGCCTTACTCCGATATGAATTACAGTTCGGGTTTATTCTATA
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTT-GTTGGCCTTACTCCGATATGA-TTACAGTTCGGGTTTATTCTATA
EST: gi|349822160|gb|FQ412424.1|FQ412424
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAAG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349815965|gb|FQ403606.1|FQ403606
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349823657|gb|FQ415067.1|FQ415067
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349814484|gb|FQ399124.1|FQ399124
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110405653|gb|EC971197.1|EC971197
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349822147|gb|FQ412411.1|FQ412411
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|29784976|gb|CB341565.2|CB341565
EST:     -CATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGATCGGGTTTATTCTATA
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATA
EST: gi|351028176|gb|FQ426077.1|FQ426077
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349816488|gb|FQ403863.1|FQ403863
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110728694|gb|EE104487.1|EE104487
EST:     GCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110406516|gb|EC972092.1|EC972092
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349831011|gb|FQ418295.1|FQ418295
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|30251252|gb|CB968985.1|CB968985
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110387404|gb|EC952065.1|EC952065
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTTTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|352794252|gb|FQ479494.1|FQ479494
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATAATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110376952|gb|EC942021.1|EC942021
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349808415|gb|FQ405559.1|FQ405559
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110732008|gb|EE106918.1|EE106918
EST:     GCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGGTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|30255507|gb|CB971639.1|CB971639
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTAC
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTAC
EST: gi|29784935|gb|CB341497.2|CB341497
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|30251287|gb|CB969020.1|CB969020
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|30251371|gb|CB969104.1|CB969104
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTTTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349826996|gb|FQ419087.1|FQ419087
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351056800|gb|FQ443427.1|FQ443427
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351055263|gb|FQ440602.1|FQ440602
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|33409849|gb|CF215476.1|CF215476
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTAT
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTAT
EST: gi|351015091|gb|FQ444380.1|FQ444380
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAAG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351038806|gb|FQ464672.1|FQ464672
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|27581746|gb|CB004441.1|CB004441
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351016126|gb|FQ432081.1|FQ432081
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACGGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110404252|gb|EC969021.1|EC969021
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351032540|gb|FQ458905.1|FQ458905
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349814908|gb|FQ410131.1|FQ410131
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110383243|gb|EC947602.1|EC947602
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351012633|gb|FQ430196.1|FQ430196
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349824838|gb|FQ414696.1|FQ414696
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACATTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|352789886|gb|FQ478701.1|FQ478701
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110701035|gb|EE078210.1|EE078210
EST:     CCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAAGTGGAAAATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTAAAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349811062|gb|FQ406050.1|FQ406050
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGACAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|352786909|gb|FQ481284.1|FQ481284
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCCCTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCC
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCC
EST: gi|30253352|gb|CB970903.1|CB970903
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110384279|gb|EC948706.1|EC948706
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110371126|gb|EC934905.1|EC934905
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351055675|gb|FQ452140.1|FQ452140
EST:     GCATGGACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110691130|gb|EE068880.1|EE068880
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351025914|gb|FQ427926.1|FQ427926
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|30255584|gb|CB971716.1|CB971716
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110691414|gb|EE069492.1|EE069492
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349813864|gb|FQ414098.1|FQ414098
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349809263|gb|FQ399037.1|FQ399037
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCNATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACCGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349817251|gb|FQ405255.1|FQ405255
EST:     GCATGAACTTAACCTTACCACTGGCAATGCAAGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTTTATAAG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351022739|gb|FQ428648.1|FQ428648
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110383054|gb|EC947402.1|EC947402
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349819676|gb|FQ402613.1|FQ402613
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351020010|gb|FQ439827.1|FQ439827
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|110685642|gb|EE062541.1|EE062541
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCANGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|349815601|gb|FQ400757.1|FQ400757
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTATAGTTCGGGTTTATTCTATAG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAG
EST: gi|351030356|gb|FQ432294.1|FQ432294
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|351046839|gb|FQ454449.1|FQ454449
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCANGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
EST: gi|352790592|gb|FQ478231.1|FQ478231
EST:     GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTG                         GTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG
genomic: GCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaa ... ttgtatgcagGTGTTGTTGGCCTTACTCCGATATGATTACAGTTCGGGTTTATTCTATAGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCATGTGgtaggcaaaacattggattttactcttccttttctttctgggatcatttccatttttcttatcatccgctagctaggaagattaccttgtgcttgctttg

- - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aggaaga