Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTATTCGGAGTCTATTGCACGTTTTCAAGGAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcctttccatgcccattttttgccttttcttttttccttttttttttctccttcagtaagtctccttggtcccccattttcataatggtgggatatgtcaccttttacatgtgctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0094g01550.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA08G13300.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CTTTATTCGGAGTCTATTGCACGTTTTCAAGGAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcctttc-catgcccattt-tttgccttttcttttttccttttttttttctccttcagtaagtctcctt---ggtcccccattttcataatggtgggatatgtcaccttttacatgtgctcag
 | ||| | |||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||   | || | |||| | |    | ||| |  ||| |||||  |    | | ||  |  | |  || |   |   ||| |   | |||  |  || |  |                          
TTATATGCAGAGTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatcccactttccacatgtctacccatctgcttcatctcttttc--tggaatgtactgttggaatttgttttgctaaaggttcgttaattttcttttgttcag--------------------------

upper sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA05G30140.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CTTTATTCGGAGTCTATTGCACGTTTTCAAGGAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctt-tcctttccatgcccattt-tttgccttttcttttttccttttttttttctccttcagtaagtctccttggtcccccattttcataatggtgggatatgtcaccttttacatgtgctcag
 | ||| | |||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||    || | |||| | |    | ||| |  ||| |||||     | |  | |      | ||||   ||||  | |    || | ||||       | | |     ||| |||  |     
TTATATGCAGAGTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcactctctacatgtctacccatctgcttcatctcttttctggaatatactgtt-----ggaagttgtcttg--ctcaaggttccgtaat-------tctttttttcttttcatcag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110701800|gb|EE079788.1|EE079788
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|110700674|gb|EE077534.1|EE077534
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|110732501|gb|EE107845.1|EE107845
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAAGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAAGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|27584731|gb|CB007426.1|CB007426
EST:     GAGGATCACCGTACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAAT
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAAT
EST: gi|110371128|gb|EC934907.1|EC934907
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|110687369|gb|EE064718.1|EE064718
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAAGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTT
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTT
EST: gi|110687516|gb|EE065012.1|EE065012
EST:     GANGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCCAGGCTCAATGCTGTTT
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTT
EST: gi|110692608|gb|EE072046.1|EE072046
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|110731100|gb|EE108936.1|EE108936
EST:     ATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: ATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|110700715|gb|EE077610.1|EE077610
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|33406756|gb|CF212383.1|CF212383
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
EST: gi|37183843|gb|CF603197.1|CF603197
EST:     GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAG                         GCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA
genomic: GAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcc ... atgtgctcagGCATTTGCAAGGCTCAGTGCTGTTTATGGTGGAACATACATGTTGAATAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTTATTCGGAGTCTATTGCACGTTTTCAAGGAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctttcctttccatgcccattttttgccttttcttttttccttttttttttctccttcagtaagtctccttggtcccccattttcataatggtgggatatgtcaccttttacatgtgctcag

- - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC