Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTTCACAAATGCGTTTCCTGTTCATTATAGTCCTCCAAATGGTTTCGGTTTTGAAATCGATGATTTCTCCATACCTGTCCAGgtttgttcaatgagaatgagatattgcaatgttatgatgtttcttattgactaaatcccttcatctggtacatgttgaaactgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g03650.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g03650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA01G36980.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ATCTTCACAAATGCGTTTCCTGTTCATTATAGTCCTCCAAATGGTTTCGGTTTTGAAATCGATGATTTCTCCATACCTGTCCAGgtttgttcaatgagaatgagatattgcaatgttatgatgtttcttattgactaaatcccttcatctggtacatgttgaaactgcag-------
|| ||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||   |||||||||| |||||  ||   | || || ||||||  | || |         | |    ||  ||   |  ||| ||  ||  |||| | | |       | |||||   || |   |       
ATTTTTGCCAATGCTTTTCCTGTTCATTATAGTCCCCCAAGTGGTTTTCATTTTGAAATCAATGATGACTTTGTTCCCGTACAGgttgttacattttactgctaaaacctgaacattgcaa-atttgtt--tggttaaagcacattgctaatttcatgtaacaattaacgactgcag

upper sequence: Vv04s0023g03650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G23600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ATCTTCACAAATGCGTTTCCTGTTCATTATAGTCCTCCAAATGGTTTCGGTTTTGAAATCGATGATTTC----TCCATA-----CCTGTCCAGgtttgttcaatgagaatgagatattgcaatgttatg----atgtttcttattgactaaatcccttcatctggtacatgttgaaactgcag
|| ||  | ||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| || || ||       |  ||      || || ||||||    || | |  |   || ||    |||||||     || |||  |  ||  ||   |   |         |   ||  |  |||||
ATTTTTGCCAATACTTTCCCTGTTCATTATAGTGCTCCAAATGGTTTCAACTTTGAAGTCAATAATCCTGATGTTGATGTTGGTCCCGTACAGgttctaacattcaacaaccgaaatgctgatgttattttgcatattttgttatgcatatggcttattgcacatctccaattatatatgcag