Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATTTGGTTGGGAGCCCGACAACAGATGAAAACATCAATACAAATGCAAAAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcgagcaatcttcccttaatttgagaagctgtttttgaaaacagtttttatttttatttttattttttaagaataaacgaataaaaaatatgtt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0088g00260.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27580144|gb|CB002839.1|CB002839
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|351013068|gb|FQ433795.1|FQ433795
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|110731702|gb|EE106346.1|EE106346
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|349829592|gb|FQ421110.1|FQ421110
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCA
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCA
EST: gi|110416162|gb|EC982123.1|EC982123
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|33402582|gb|CF208209.1|CF208209
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|351040780|gb|FQ438324.1|FQ438324
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|30321632|gb|CD004894.1|CD004894
EST:     CCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: CCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|110698995|gb|EE077133.1|EE077133
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC
EST: gi|351013477|gb|FQ425508.1|FQ425508
EST:     AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAG                         GCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCCTCTAAC
genomic: AAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcga ... gcttttccagGCTGCAAAAGAAAACTGCAATGGGAACTATGCAGATGTAGATCCATCTAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATTTGGTTGGGAGCCCGACAACAGATGAAAACATCAATACAAATGCAAAAGTTGTATTTGCTCACCGGTTGGCCCTTATATCCGATGAGCTCTATGAGgtaatctcgagcaatcttcccttaatttgagaagctgtttttgaaaacagtttttatttttatttttattttttaagaataaacgaataaaaaatatgtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat