Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTGAAGCTTTCTCAACATATCCTCGAACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaacaaacataaagcaaatttactcagtttcttaatcattttttcattcctttcccatgtggtacagttctcatttctgccccgaaactctact...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0033g01120.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0033g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA01G35220.5 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGTGAAGCTTTCTCAACATATCCTCGAACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaacaaacataaagcaaatttactcagtttcttaatcattttttcattcctttcccatgtgg---------tacagttct---catttctgccccgaaactctact-
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||||| || |    |||  |     | | |  | |||  | ||| |||     || ||  |    |  | |         ||   ||||    ||   ||    |  ||| |||  
GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCTGAAAGCCACAGGTGAgtatgtgaactcat--ttactctcattagtaacataaacatggagacactcactctaaacttagatttttgaatatgtttctgacaatggttgttttgttactttacag

upper sequence: Vv02s0033g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA09G34640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GTGTGAAGCTTTCTCAACATATCCTCGAACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaacaaacataaagcaaatttactcagtttcttaatcattttttcattcc---tttcccatgtggtacagttctc-----atttctgccccgaaactctact-
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||  | || ||||| ||||||| |  |    ||  | |   |   | | | |||  | ||| |||     || ||     |||   | | | | |  | ||     ||   ||    |  ||   ||  
GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACCTATGACCTCCTTCATCTTGATGGACTCTTCTCTGCTGAAAGCCACAGgtgaatatgtgaaactcatttactctcatt-agtaacataaacatggacacactctaaacttcgattcttgaatatgtttctgacaatggttgttttgttacataacag

upper sequence: Vv02s0033g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G17500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGTGAAGCTTTCTCAACATATCCTCGAACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaacaaacataaagca--aatttactcagtttcttaatcat----tttttcattcctttcccatgtgg-tacagttctcatttctgccccgaaactctact
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || || ||||  ||||||| | ||    ||| ||       |    ||| | ||  | ||  ||     |   ||      |  ||       ||| | | | || |||  ||  |        
GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACATATGACCTGCTTCATCTTGATGGACTCTTCACTGCAGAAAACCACAGgtgacgatttcaacctattttgatagaccactaaattaataaagtataatactgaacacagaaataacacacaaacacaatacac-ttgctgttccagaga------

upper sequence: Vv02s0033g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G08120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GTGTGAAGCTTTCTCAACATATCCTCGAACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaacaaacataaagcaaatttactcagtttcttaatcattttttcattcctttcccatgtgg--tacagttctcatttctgccccgaaactctact-----
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||| |||||| | ||||| ||    ||||| ||||||| |  |    |||  |       |||    ||      |||   |  |||| |    |   ||   |   | ||   |||         | | | |  |||     
GTGTGAAGCTTTTTCAACATATCCTCGAACATATGACTTGCTTCATCTTGATAGACTCTTCACCCTAGAAAGCCACAGgtgactatgtgaactca-------ttttgataggacaccaattggtaattcaataaaatataatactgaacatagaaatcacacacaatacaacaatacacttgctg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|219555096|gb|FG984885.1|FG984885
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555063|gb|FG984852.1|FG984852
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555098|gb|FG984887.1|FG984887
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGCCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110713853|gb|EE090135.1|EE090135
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555121|gb|FG984382.1|FG984382
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110714256|gb|EE090953.1|EE090953
EST:     ACGTACGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555577|gb|FG984662.1|FG984662
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110730703|gb|EE108083.1|EE108083
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555167|gb|FG984428.1|FG984428
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110409090|gb|EC974746.1|EC974746
EST:     CTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: CTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555113|gb|FG984374.1|FG984374
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555285|gb|FG984986.1|FG984986
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGCCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555354|gb|FG984527.1|FG984527
EST:     ACGTATGATCCCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGACGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555307|gb|FG984480.1|FG984480
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555079|gb|FG984868.1|FG984868
EST:     ACGTATGATCCCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGACGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555289|gb|FG984462.1|FG984462
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110715755|gb|EE094164.1|EE094164
EST:     GTACGATCTCCCTTCAC-TTGATGGTCTCTTTTACAGCC-AAAGTCA-AG                         AATGCGATATGAAATATGTGCTCTTGGAAATGGATCGGA
genomic: GTATGATCTCC-TTCACCTTGATGGTCTCTTT-ACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagA-TGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGA
EST: gi|110717847|gb|EE094062.1|EE094062
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|30302334|gb|CB979128.1|CB979128
EST:     ACGTACGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110701441|gb|EE079013.1|EE079013
EST:     ACGTACGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555225|gb|FG984926.1|FG984926
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|110714369|gb|EE091194.1|EE091194
EST:     ACGTACGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219555600|gb|FG984685.1|FG984685
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219554995|gb|FG984784.1|FG984784
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
EST: gi|219554957|gb|FG984746.1|FG984746
EST:     ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAG                         ATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA
genomic: ACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaac ... acttgtgcagATGCGATATGAAGTATGTGCTCTTGGAGATGGATCGGATCCTACGTCCCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGTGAAGCTTTCTCAACATATCCTCGAACGTATGATCTCCTTCACCTTGATGGTCTCTTTACAGCCGAAAGTCACAGgtaaggaaacaaacataaagcaaatttactcagtttcttaatcattttttcattcctttcccatgtggtacagttctcatttctgccccgaaactctact

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgcccc