Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g02900.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag--
||||| ||||  ||| | ||||||||||||||||| || || || ||  ||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||   ||  |||||||     ||| | |  |  |||||   ||    | || | |||| ||| ||    ||   |||  | || |  ||  |  | |||  | | |    | |   
TACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCTATTTACCAAGCTACATTCCGTGATGGGGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGCGgtatgctttctgtttaccggtctctgcttcatgatatctcttgtg-ata-atttctattcctgtcat-gtttccactttccacacaactgtctgccttaatta

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA04G37030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgta-cttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag
||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| || |||| |     |     |   ||  || | || ||  ||   |||  |   |||  |  | |           | ||  |||  |  ||| 
TACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttctttctccccactacatctacatgctaacttctatctgtttatg-acatttagttgttatcctctccctcaccagca-ataaattagtatttac

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag--
||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| | |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||   ||| |||| | | || | |||   |  ||  | | |   |   ||  |   | ||| | | |  |  |  | | | ||   ||   ||  ||   
TACCGATATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCACGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtactctttctttctcccccactatatctacata-ctaacttctatctgtttatgacattttgttgctatcctctc--tctgaccagcaataaattagtattt

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT1G13060.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctctctctctctc-tctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag
|||   ||||||||||| ||||| |||||| | || || || ||  |||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||   || |||   |   ||| |   ||   | |       |  |    | || |  || ||  |  |   ||||    | |   ||| |            
TACAAATATGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgttagtaatctgaatgcatctgtggttcaaatgtaatatttaactttcaagattctgatttagctcataa-gtttgttctcttctcatatgaccag------

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtt--taaacatgtattttttgttag
|||   |  |||||||| ||||| |||||  | || || || ||  |||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |      ||  ||   |||  |  |   ||  |    ||    | |     | ||  |  |||| || |   ||  ||||  |||||  |  |    
TACAAATTCGATATGTCGGTTGAAGAAGCCTCAGAGTTAGCAAGGAGATCCATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtaaagatcaatccttacttcttctgccaatacatcatcatcttgtgatccttttcctttaaatt-ttgtattaaactttcttaaatctgtatgatcag----

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGG-------AGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctc------tctctctctctctctctcccatgtggatacataca---aatgtatgtagttgtgtttacggt-ttaaacatgtattttttgttag
|     |  ||||||||| | || ||||| |  ||  | ||| | || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||       ||| | ||||  |   | || |  || ||||      ||  ||     |  | | || |||   |   | ||   | | | ||| ||   |  | |  | ||||   | | ||  |    ||
TTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatgaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351020097|gb|FQ445704.1|FQ445704
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110697158|gb|EE073899.1|EE073899
EST:     ATTTATCATGCGA-ACTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTAATATGTGGGGCCAAATGGGTGGAA
genomic: ATTTATCATGCGACA-TTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAA
EST: gi|110377163|gb|EC942221.1|EC942221
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110430141|gb|EC996677.1|EC996677
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110416438|gb|EC982420.1|EC982420
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110687524|gb|EE065028.1|EE065028
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGTTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTAATGTGGGGC-AAATGGG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTA-TGTGGGGCCAAATGGG
EST: gi|110365766|gb|EC929203.1|EC929203
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110400292|gb|EC966850.1|EC966850
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|156735848|gb|EV239969.1|EV239969
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|56408389|gb|CX016641.1|CX016641
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|45368186|gb|CK906545.1|CK906545
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110698339|gb|EE075751.1|EE075751
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAAAACCTGCCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110361238|gb|EC924696.1|EC924696
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|33111221|gb|CF074565.1|CF074565
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110733141|gb|EE109075.1|EE109075
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAA
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAA
EST: gi|110690175|gb|EE067043.1|EE067043
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAACTGTCTGGT
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGT
EST: gi|110358305|gb|EC922422.1|EC922422
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|37188874|gb|CF608223.1|CF608223
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGG
EST: gi|110365001|gb|EC928674.1|EC928674
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110367168|gb|EC931094.1|EC931094
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110718057|gb|EE094454.1|EE094454
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110401821|gb|EC968442.1|EC968442
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|351033347|gb|FQ446579.1|FQ446579
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTC
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTC
EST: gi|110397717|gb|EC963560.1|EC963560
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110718034|gb|EE094410.1|EE094410
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|30131617|gb|CB916956.1|CB916956
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTC
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTC
EST: gi|110364655|gb|EC928066.1|EC928066
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110372494|gb|EC936666.1|EC936666
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGGCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110691315|gb|EE069273.1|EE069273
EST:     TATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGG
EST: gi|110397937|gb|EC963940.1|EC963940
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
EST: gi|110732056|gb|EE107008.1|EE107008
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTAATATGTGGGGCCAAA
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAA
EST: gi|110368695|gb|EC932705.1|EC932705
EST:     TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCG                         TTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG
genomic: TATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactc ... tttttgttagTTTATTATGTGGGGCCAAATGGGTGGAAGAAGCTGTCTGGTGATGATGTCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG