Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtatttttttgtctattgttgttattatggagtagtggcaactttattaccttaaaaacttatgttgtctttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00950.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351028084|gb|FQ425985.1|FQ425985
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|351043445|gb|FQ444045.1|FQ444045
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGACTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|349829684|gb|FQ421202.1|FQ421202
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTT
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGG-AGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTT
EST: gi|349824351|gb|FQ417738.1|FQ417738
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|110708043|gb|EE085132.1|EE085132
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|110694296|gb|EE071276.1|EE071276
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|351040557|gb|FQ434690.1|FQ434690
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|351014955|gb|FQ444244.1|FQ444244
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|351029069|gb|FQ435269.1|FQ435269
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
EST: gi|110687900|gb|EE065836.1|EE065836
EST:     TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCG                         TTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC
genomic: TGGATGTGATGCCCTTGCATGTGCGgtatgtattt ... tgtctttcagTTTGAAACCATGGCTTTTGGGAGCACTGCTATGTGTGGAAGAACTTCTTTC