Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAAATTGATAGGAAAATTGCAAGATGGAACAGTGTTTCTGAAGAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataatgcagtttttcaacccatggtaggtttttaggtttgtactcttattttgaccttgaggaatgaatttttccctttctggacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0769g00010.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30125943|gb|CB911282.1|CB911282
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|161709131|gb|FC058397.1|FC058397
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|33403350|gb|CF208977.1|CF208977
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|30253340|gb|CB970891.1|CB970891
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|77587533|gb|DV222932.1|DV222932
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|351042032|gb|FQ456242.1|FQ456242
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|29783511|gb|CB349715.2|CB349715
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|110398522|gb|EC964942.1|EC964942
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|33403274|gb|CF208901.1|CF208901
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|349830992|gb|FQ418276.1|FQ418276
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|349830215|gb|FQ420475.1|FQ420475
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|349829935|gb|FQ422248.1|FQ422248
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|110400903|gb|EC967488.1|EC967488
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|28969463|gb|CB348496.1|CB348496
EST:     GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: GAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
EST: gi|110689806|gb|EE066352.1|EE066352
EST:     CTTCGAGTTCAAGACTGATGATG                         AGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG
genomic: CTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataa ... ttctggacagAGCAAGTTATCGATGGGCTTGATAGAGCTGTAATGACAATGAAGAAGGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAAAATTGATAGGAAAATTGCAAGATGGAACAGTGTTTCTGAAGAAGGGTCATGGTGAAGGAGAGGATCTCTTCGAGTTCAAGACTGATGATGgtaattataatgcagtttttcaacccatggtaggtttttaggtttgtactcttattttgaccttgaggaatgaatttttccctttctggacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT