Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACAGATGATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattattttccctgtggttactcggtgtcacatagtaacagccactatttattctctttcattttatatgaaacagcactgcacaagtatgtgaaaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0187g00220.t01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0187g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA08G44410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CCACAGATGATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattattttccctgtggttactcggtgtcacatagtaacagccactatttattctc------tttcattttatatgaaacagcactgcacaagtatgtgaaaa
|   ||||||||| || ||||||||||||||| |||| || ||  |||||||| |||||||| |  | | |   ||   ||  ||    |   | || | ||  || |    ||| ||      || |||    | |  | |  |  | | |  |    |     
CTGTAGATGATACACAACGTATGATGCAAATGGGTGGATTTGGATTTGATCCTTCAAAGgtaca--aatatgagtggtatttttcataattttaaag-atcaatcattgaaaattatcatgtgattccatgacttgttgatccccctttcccccggccatac---

upper sequence: Vv00s0187g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA18G08370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
-CCACAGATGATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtata-ttattt-tccctgtggtt-actc--ggtgtcacatagtaacagccactatttattctctttcattttatatgaaacagcactgcacaagtatgtgaaaa
 |   ||||||||| || ||||||||||||||| |||| || ||  |||||||| |||||||| | |||    |    |||||| ||||  | | |  |||| |       |  | | |||     | |||   |||||  ||    |  ||     |       
GCTGTAGATGATACACAACGTATGATGCAAATGGGTGGATTTGGATTTGATCCTTCAAAggtacaattacaaatatgagtggtttactctagatttttcataattttgaatatcaatcattgaaaattatt--gtatgattcacttgttgactcccctccc----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77588076|gb|DV223250.1|DV223250
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|51051352|gb|CO819013.1|CO819013
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|46910396|gb|CN545771.1|CN545771
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|34321024|gb|CF373778.1|CF373778
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|28961834|gb|CB340921.1|CB340921
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110726655|gb|EE102627.1|EE102627
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|32460380|gb|CD801554.1|CD801554
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|46909662|gb|CN545207.1|CN545207
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110685864|gb|EE062959.1|EE062959
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|29783362|gb|CB349482.2|CB349482
EST:     ATGCCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGGATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|77577964|gb|DV217740.1|DV217740
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|27583872|gb|CB006567.1|CB006567
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110701548|gb|EE079248.1|EE079248
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110367435|gb|EC931368.1|EC931368
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110388011|gb|EC952723.1|EC952723
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|26262869|gb|CA813932.1|CA813932
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|26257347|gb|CA808410.1|CA808410
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110383463|gb|EC947838.1|EC947838
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|34542613|gb|CF510845.1|CF510845
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110396217|gb|EC961898.1|EC961898
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|46909636|gb|CN545181.1|CN545181
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|28970526|gb|CB349559.1|CB349559
EST:     ATGCCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGGATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110371370|gb|EC935343.1|EC935343
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|34549179|gb|CF517411.1|CF517411
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110701549|gb|EE079249.1|EE079249
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|352790841|gb|FQ475478.1|FQ475478
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|32457130|gb|CD798304.1|CD798304
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTTGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|34232018|gb|CF369054.1|CF369054
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|77577299|gb|DV217363.1|DV217363
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|22009765|gb|BQ794799.1|BQ794799
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|352794704|gb|FQ475202.1|FQ475202
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|71873978|gb|DT023033.1|DT023033
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCA
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCA
EST: gi|71872223|gb|DT021278.1|DT021278
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|71874611|gb|DT023666.1|DT023666
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGA
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGA
EST: gi|71875857|gb|DT024912.1|DT024912
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATG
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATG
EST: gi|110712770|gb|EE088107.1|EE088107
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCNAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|71868316|gb|DT017371.1|DT017371
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|34542700|gb|CF510932.1|CF510932
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|30322474|gb|CD005736.1|CD005736
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|33406423|gb|CF212050.1|CF212050
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|26258038|gb|CA809101.1|CA809101
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110729230|gb|EE105337.1|EE105337
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|77584920|gb|DV221543.1|DV221543
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|352781978|gb|FQ469276.1|FQ469276
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|26258231|gb|CA809294.1|CA809294
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|30131965|gb|CB917304.1|CB917304
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|28961974|gb|CB341013.1|CB341013
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGGC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGG-C
EST: gi|110717983|gb|EE094317.1|EE094317
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110702874|gb|EE079227.1|EE079227
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110697569|gb|EE074674.1|EE074674
EST:     AGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: AGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|77582909|gb|DV220445.1|DV220445
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|32245682|gb|CD711501.1|CD711501
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|33405791|gb|CF211418.1|CF211418
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|71869568|gb|DT018623.1|DT018623
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110363258|gb|EC926834.1|EC926834
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|46910506|gb|CN545881.1|CN545881
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAATG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|349830208|gb|FQ420468.1|FQ420468
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCANATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|71875634|gb|DT024689.1|DT024689
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGC
EST: gi|26257452|gb|CA808515.1|CA808515
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110381363|gb|EC946692.1|EC946692
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|26257101|gb|CA808164.1|CA808164
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110388030|gb|EC952744.1|EC952744
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110687779|gb|EE065579.1|EE065579
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|26261832|gb|CA812895.1|CA812895
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|351013193|gb|FQ424898.1|FQ424898
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|110715351|gb|EE093304.1|EE093304
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC
EST: gi|351016605|gb|FQ424032.1|FQ424032
EST:     ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAG                         AGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGGC
genomic: ATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattatt ... ttcttgtcagAGCTTGGGTGCTGAGAAAGACAGTCTCGACATAGTTCAGCATGAATGGGCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCACAGATGATACCCAGCGTATGATGCAAATGAGTGGGTTCGGCGTTGATCCTACAAAGgtatattattttccctgtggttactcggtgtcacatagtaacagccactatttattctctttcattttatatgaaacagcactgcacaagtatgtgaaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgaaa