1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
GGGATCTTAATCTCATTGGACAATTTGGAGTTGGGTTCTACTCTGTATATCTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctcttgaagattttattttattttatttttattattattttttttttttgtgaaccagaggtttatgaaatggattgatgatcattcaaatttccattcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0001g14500.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGANCAA-CA GTATGTATGGGAGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTTGNCA-TTTCTGAGGATEST: gi|30297571|gb|CB974365.1|CB974365
genomic: TTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGA-CAAACAgtgagcctct ... ttccattcagGTATGTATGGGAGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTTG-CAATTTCTGAGGAT
EST: CTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACA GTATGTATGGGAGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTTGCAATTTCTGAGGATGTEST: gi|110710305|gb|EE086522.1|EE086522
genomic: CTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctct ... ttccattcagGTATGTATGGGAGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTTGCAATTTCTGAGGATGT
EST: CTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACCATGATGACAAACA GTATGTTTGGGGAGTCTAAAGCTGAAGGAGCTTTTEST: gi|110709700|gb|EE085391.1|EE085391
genomic: CTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctct ... ttccattcagGTATGTATGGG-AGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTT
EST: TTGTTGCAGAAC-ATGTTGAAGTCCTTANCCAACACAATGATGACAAACA GTATGTATGGGEST: gi|110726118|gb|EE101621.1|EE101621
genomic: TTGTTGCAGA-CTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctct ... ttccattcagGTATGTATGGG
EST: TTGTTGCAGAATATGTTTGAA-TCATTANCCAACACAATGATGACAAACA GTATGTATGGGAGTCTAAAGCCGATGGAGCCTTTGEST: gi|110724805|gb|EE100952.1|EE100952
genomic: TTGTTGCAGACTATGTT-GAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctct ... ttccattcagGTATGTATGGGAGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTTG
EST: CCTGGTGCAGACTATGGTGAAGTCATTAGCAAACACA-TGATGACCAACA GTAAGTATGGGAGTCTTAAGCTGAAGGAACTTTTGCAATTTCTGAGGATGT
genomic: CTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctct ... ttccattcagGTATGTATGGGAGTCTAAAGCTGATGGAGCTTTTGCAATTTCTGAGGATGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGATCTTAATCTCATTGGACAATTTGGAGTTGGGTTCTACTCTGTATATCTTGTTGCAGACTATGTTGAAGTCATTAGCAAACACAATGATGACAAACAgtgagcctcttgaagattttattttattttatttttattattattttttttttttgtgaaccagaggtttatgaaatggattgatgatcattcaaatttccattcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG